HPV疫苗接种后有局部反应（注射部位疼痛、红肿、硬结）、全身反应（发热、疲劳、头痛、胃肠道不适），妊娠期女性一般不建议接种，哺乳期女性可接种，过敏体质者接种需谨慎，有基础疾病者按情况接种。
红肿：注射部位可能出现红肿，红肿范围通常较小，直径一般不超过几厘米，也是轻度至中度反应，同样多在接种后短期内发生，是机体对疫苗接种的炎症反应，随着时间推移会逐渐消退，一般不需要特殊治疗，保持局部清洁干燥，避免搔抓等刺激。
硬结：部分受种者可能出现注射部位硬结，硬结的大小因人而异，一般也是轻度反应，是局部组织对疫苗的炎症性反应形成的，通常会在数天至数周内逐渐消散，可通过局部热敷等方式促进吸收，但需注意热敷温度和时间等，避免烫伤等情况。
全身反应
发热：少数受种者可能出现发热，多为低热，体温一般在37.5℃-38.5℃之间，个别可能出现中度发热，发热通常在接种后1-2天内出现，持续时间较短，一般1-2天可自行消退。研究表明约有5%-10%左右的受种者可能出现发热反应，发热是机体免疫系统对疫苗的免疫应答反应，对于低热情况，可通过多饮水、适当休息等方式进行观察和护理，若体温较高或持续时间较长，需及时就医评估。
疲劳：部分人接种后会感觉疲劳，可能表现为全身乏力、精神不振等，一般程度较轻，持续时间较短，数天内可恢复，这与疫苗引起的机体免疫反应有关，受种者应注意休息，保证充足睡眠，避免过度劳累，一般无需特殊治疗，休息调整后多可缓解。
头痛：少数受种者可能出现头痛症状，头痛程度一般较轻，多为轻度头痛，可能与疫苗接种后机体的生理变化有关，一般在接种后短期内出现，可自行缓解，若头痛较明显或持续不缓解，可适当通过休息、放松等方式缓解，必要时可在医生评估下考虑是否需要进一步处理。
胃肠道不适：个别受种者可能出现胃肠道不适，如恶心、呕吐、腹痛、腹泻等，胃肠道不适症状一般较轻，持续时间较短，多在接种后数天内恢复，这可能与疫苗引起的全身应激反应影响胃肠道功能有关，出现胃肠道不适时，应注意清淡饮食，避免食用辛辣、油腻、刺激性食物，适当补充水分，防止脱水，若症状严重或持续不缓解，需及时就医。
特殊人群情况
妊娠期女性：妊娠期女性一般不建议接种HPV疫苗，因为目前关于HPV疫苗在妊娠期的安全性数据相对有限，虽然尚无明确证据表明HPV疫苗会对胎儿造成直接不良影响，但为了避免潜在风险，妊娠期女性应避免接种。如果接种后发现妊娠，不需要因为接种疫苗而终止妊娠，定期进行孕期检查即可。
哺乳期女性：哺乳期女性可以接种HPV疫苗，目前研究显示HPV疫苗在哺乳期接种后，疫苗成分进入乳汁的量极少，不会对婴儿造成不良影响。但哺乳期女性接种疫苗后仍需密切观察自身反应，如出现明显不适，应及时告知医生，并根据具体情况决定是否继续哺乳等相关事宜。
过敏体质者：过敏体质者接种HPV疫苗需谨慎，若对疫苗成分过敏，则绝对不能接种。在接种前应详细告知医生自己的过敏史，包括食物过敏、药物过敏等情况，医生会评估接种风险后决定是否可以接种。如果既往有对疫苗相关成分过敏的情况，如对酵母过敏等（因为部分HPV疫苗生产过程中使用酵母细胞），则不适合接种该类HPV疫苗。
有基础疾病者：患有急性严重发热疾病者应推迟接种HPV疫苗，待疾病康复后再考虑接种。对于患有慢性疾病稳定期的人群，如高血压、糖尿病等病情控制平稳者，可以接种HPV疫苗，但需在接种前告知医生基础疾病情况，由医生评估接种的安全性和必要性。例如高血压患者血压控制在相对稳定的范围内（一般收缩压＜160mmHg，舒张压＜100mmHg）时，通常可以接种HPV疫苗。
