阴茎黑色成因有正常生理现象和病理因素及其他可能因素，正常生理现象包括种族遗传和年龄增长致黑色素沉着；病理因素有内分泌疾病（肾上腺皮质功能亢进、垂体疾病）、慢性疾病（肝脏疾病、慢性肾功能不全）、药物因素致色素沉着；其他可能因素有局部摩擦和紫外线照射致黑色素增加。
一、正常生理现象导致的阴茎黑色
（一）种族遗传因素
不同种族人群的皮肤色素沉着存在差异，部分人群由于种族遗传特性，阴茎部位的皮肤黑色素细胞相对活跃，产生较多黑色素，从而使阴茎呈现黑色，这是正常的生理表现，在具有相应种族遗传背景的人群中较为常见，与年龄、性别等无绝对特定关联，不同生活方式下只要遗传因素决定，该特征就会存在。
（二）年龄增长因素
随着年龄的增加，人体的内分泌等生理功能会发生变化，皮肤中的黑色素细胞功能也会有所改变。男性进入青春期后，雄激素水平逐渐升高，会促使包括阴茎皮肤在内的身体皮肤发生一系列变化，其中就可能包括黑色素沉着逐渐增加，导致阴茎颜色逐渐变深变黑，这是正常的生理老化过程在皮肤外观上的一种体现，各年龄段男性随着年龄增长都可能出现，只是不同年龄段变化程度不同。
二、病理因素导致的阴茎黑色
（一）内分泌疾病因素
1.肾上腺皮质功能亢进：当肾上腺皮质功能亢进时，会导致体内糖皮质激素等分泌异常增多，而糖皮质激素可能会影响黑色素细胞刺激素的分泌调节等，进而引起皮肤黑色素沉着增加，包括阴茎部位。此类患者可能还伴有其他内分泌相关症状，如向心性肥胖、高血压等，在各年龄段男性都可能发生，若有内分泌疾病基础则需重点考虑。
2.垂体疾病：垂体是内分泌系统的重要调节器官，垂体肿瘤等疾病可能会影响促肾上腺皮质激素等的分泌，从而间接影响黑色素的代谢等。例如垂体肿瘤导致促肾上腺皮质激素分泌异常，就可能导致包括阴茎在内的皮肤黑色素沉着改变，不同年龄男性均有发病可能，有垂体相关病史或出现垂体功能异常表现时需警惕。
（二）慢性疾病因素
1.肝脏疾病：严重的肝脏疾病，如肝硬化等，会影响肝脏对激素的代谢功能。雌激素在肝脏代谢，肝脏疾病时雌激素灭活减少，体内雌激素水平升高，而雌激素可能会促进黑色素细胞分泌黑色素，导致皮肤色素沉着，包括阴茎部位变黑。此类患者多有长期肝脏疾病病史，各年龄段男性均可患病，生活方式中长期饮酒、患有病毒性肝炎等可能是诱因。
2.慢性肾功能不全：肾功能不全时，机体的代谢废物排泄障碍，体内毒素堆积等会影响内分泌及代谢功能。同时，肾功能不全可能导致维生素D代谢异常等，进而影响钙磷代谢等，也可能间接影响黑色素的代谢过程，导致皮肤黑色素沉着增加，阴茎部位也可能变黑。此类患者多见于有慢性肾脏疾病病史的人群，各年龄段均可发病，长期不良生活方式如过度劳累等可能加重病情。
（三）药物因素
某些药物长期使用可能会引起皮肤色素沉着的不良反应，其中就包括导致阴茎部位变黑。例如长期使用某些抗疟药等，药物在体内的蓄积等可能干扰黑色素的代谢过程，从而使阴茎皮肤颜色变黑。使用相关药物的患者需关注用药史，不同年龄、性别使用相关药物时都有可能出现该不良反应，用药过程中需密切观察皮肤变化。
三、其他可能因素
（一）局部摩擦因素
长期过度的局部摩擦，如频繁手淫且力度较大、性生活中过度摩擦等，可能会刺激阴茎皮肤，导致局部黑色素细胞活跃，黑色素沉着增加，从而使阴茎颜色变黑。这种情况在有不良局部摩擦习惯的男性中较为常见，不同年龄、生活方式下频繁摩擦者易出现，需注意调整生活方式，避免过度摩擦。
（二）紫外线照射因素
如果阴茎部位长期暴露在阳光下，受到过多紫外线照射，紫外线会刺激皮肤中的黑色素细胞产生更多黑色素，以保护皮肤免受紫外线损伤，从而导致阴茎变黑。长期从事户外工作等阴茎暴露较多的人群更容易出现这种情况，不同年龄、性别中长时间户外暴露者需注意做好防晒措施，减少紫外线对阴茎皮肤的损伤。
