再生障碍性贫血的5年存活率约为60%-80%，实际生存率受疾病严重程度、治疗方式、年龄及并发症控制等因素影响。
非重型再生障碍性贫血患者通过免疫抑制治疗（如抗胸腺细胞球蛋白联合环孢素），5年存活率可超过85%，部分患者甚至可实现长期缓解。重型再生障碍性贫血患者若接受造血干细胞移植，尤其是年轻患者，5年存活率可达70%-90%，其中儿童患者5年存活率可达95%。然而，若仅依赖输血支持治疗，重型患者1年存活率不足20%，5年存活率不足40%。
年龄也是影响存活率的关键因素，40岁以下患者移植后生存优势明显，而老年患者因合并症多，治疗效果和生存率相对较低。此外，有效控制感染、出血等并发症可将死亡率降低50%以上。
