先天性巨结肠可从病史与症状评估（不同年龄表现、性别及家族史相关情况）、体格检查（腹部体征、直肠指检）、辅助检查（影像学、直肠黏膜活检、直肠肌电图检查）与其他疾病（功能性便秘、先天性肠闭锁、坏死性小肠结肠炎）鉴别来综合诊断，不同年龄患儿表现有差异，直肠指检等有特征，辅助检查可助确诊及鉴别。
一、病史与症状评估
（一）不同年龄患儿表现差异
新生儿期：先天性巨结肠患儿多在出生后24-48小时内无胎便排出，或仅有少量胎便排出，可伴有呕吐、腹胀等症状。这是因为病变肠段处于痉挛状态，粪便通过障碍。例如，有研究显示约80%的先天性巨结肠新生儿在出生后48小时内未排出正常胎便。
婴儿期：主要表现为便秘逐渐加重，腹胀进行性明显，可见肠型，患儿食欲不佳。由于长期便秘，肠道功能紊乱，影响营养吸收，可能出现体重不增等情况。
儿童期：除便秘外，可能有营养不良、发育迟缓等表现，腹胀相对新生儿期可能有所不同，但仍存在腹部膨隆情况，且便秘症状持续存在，影响日常生活和学习。
（二）性别与家族史相关情况
性别方面：先天性巨结肠在性别上有一定差异，男性发病率高于女性，但这并非绝对的鉴别要点，只是在评估时需要综合考虑。
家族史：部分先天性巨结肠患儿有家族遗传倾向，如果家族中有亲属患有先天性巨结肠，那么后代患病风险相对增高，在鉴别诊断时需详细询问家族病史。
二、体格检查
（一）腹部体征
腹胀程度：可观察到腹部膨隆，严重时可见肠型，即腹部可见肠道形状的隆起。触诊时，腹胀部位的腹部紧张度可能增加，通过腹部叩诊可发现鼓音范围扩大，提示肠道积气明显。
直肠指检：是重要的检查方法。先天性巨结肠患儿直肠指检时，拔出手指后，由于近端肠管内大量粪便积聚，可排出大量气体及稀便，这与功能性便秘等疾病不同，功能性便秘直肠指检一般无此表现。
三、辅助检查
（一）影像学检查
X线检查
腹部立位平片：可见肠管扩张，有液平面，提示肠梗阻表现。对于先天性巨结肠，扩张的肠管范围与病变肠段相关，病变肠段越靠近远端，近端扩张肠管范围相对越小。
钡剂灌肠检查：是诊断先天性巨结肠的重要方法之一。可见痉挛段肠管狭窄，近端肠管扩张，扩张肠管与痉挛肠管之间有典型的移行段，这是先天性巨结肠的典型X线表现。例如，通过钡剂灌肠可清晰显示病变肠段的形态，帮助明确诊断。
超声检查
可观察肠管的厚度、肠腔扩张情况等。通过超声可以测量肠壁的厚度，先天性巨结肠患儿病变肠段肠壁可能增厚，同时能发现肠管扩张程度，辅助判断病情，但不如钡剂灌肠直观。
（二）直肠黏膜活检
通过直肠黏膜活检可检测神经节细胞情况。先天性巨结肠患儿病变肠段黏膜下及肌间神经丛内缺乏神经节细胞，而正常肠管有神经节细胞存在。这是确诊先天性巨结肠的金标准之一，但需要注意操作的准确性，以保证结果可靠。
（三）直肠肌电图检查
先天性巨结肠患儿直肠肌电图表现异常。正常情况下直肠肌电活动有一定规律，而先天性巨结肠患儿由于神经节细胞缺失，直肠肌电活动模式改变，可辅助诊断，但一般作为辅助检查手段。
四、与其他疾病的鉴别
（一）功能性便秘
功能性便秘患儿直肠指检一般无先天性巨结肠直肠指检后大量排气排便的表现，钡剂灌肠检查无痉挛段及移行段等先天性巨结肠的典型表现，且功能性便秘通过调整饮食等非手术治疗多可改善，而先天性巨结肠多需要手术治疗。
（二）先天性肠闭锁
先天性肠闭锁也可出现呕吐、腹胀、不排胎便等症状，但先天性肠闭锁腹部X线平片表现为“双泡征”等典型表现，与先天性巨结肠的X线表现不同，通过钡剂灌肠等检查可鉴别，先天性肠闭锁钡剂灌肠一般无先天性巨结肠的痉挛段、移行段等表现。
（三）坏死性小肠结肠炎
坏死性小肠结肠炎多发生在早产儿等高危人群，有感染等诱因，患儿除有消化道症状外，病情进展快，可出现便血、发热等表现，腹部X线平片可见肠壁积气等特殊表现，与先天性巨结肠可通过病史、临床表现及辅助检查相鉴别。
