长期营养不良对免疫系统危害是使功能受损致易遭病原体侵袭且加重基础疾病患者病情，对消化系统危害是引起胃肠功能紊乱及肝脏功能受损，对肌肉骨骼系统危害是导致肌肉萎缩和骨质疏松，对神经系统危害是造成认知功能下降及情绪和心理问题。
一、对免疫系统的危害
长期营养不良会使免疫系统功能受损。例如，会导致淋巴细胞数量减少，影响机体的免疫识别和应答能力。研究表明，营养不良的成年人更容易遭受各种病原体的侵袭，发生感染性疾病的概率显著增加。这是因为构成免疫系统的重要物质如抗体等的合成需要充足的营养物质支持，长期营养不良无法为这些物质的合成提供足够原料，从而削弱了免疫系统的防御功能。对于患有基础疾病的成年人，如本身有糖尿病等病史的患者，营养不良会进一步加重病情，使感染更难控制，因为其自身基础疾病已影响身体机能，再加上免疫功能下降，感染后恢复也会更缓慢。
二、对消化系统的危害
1.胃肠功能紊乱：长期营养不良会引起胃肠黏膜萎缩，胃酸分泌减少，胃肠蠕动减慢。这会导致消化不良，出现食欲减退、腹胀、便秘等症状。例如，胃黏膜的正常更新和修复需要蛋白质等营养物质，营养不良时胃黏膜修复能力下降，影响胃的正常消化功能。对于有吸烟、饮酒等不良生活方式的成年人，本身就对胃肠有一定刺激，再加上长期营养不良，胃肠功能紊乱会更加严重，可能引发胃炎、胃溃疡等疾病的发生风险增加。
2.肝脏功能受损：营养不良可影响肝脏的正常代谢和合成功能。肝脏是蛋白质、脂肪等代谢的重要器官，长期缺乏蛋白质等营养物质会导致肝脏合成白蛋白等重要蛋白质的能力下降，出现低蛋白血症，进而引起水肿等症状。同时，肝脏对脂肪的代谢也会受到影响，可能导致脂肪在肝脏内堆积，增加脂肪肝的发生风险。有肥胖病史或长期高脂饮食的成年人，本身肝脏代谢脂肪的负担就较重，再加上长期营养不良，肝脏功能受损的程度可能会更严重。
三、对肌肉骨骼系统的危害
1.肌肉萎缩：蛋白质是肌肉组织的重要组成部分，长期营养不良会使肌肉蛋白分解增加，合成减少，导致肌肉萎缩。表现为肌肉力量下降，活动耐力降低。例如，老年人本身肌肉量就有自然流失的趋势，若长期营养不良，肌肉萎缩会更加明显，容易出现行走困难、跌倒等情况。对于从事重体力劳动的成年人，本身对肌肉力量要求较高，长期营养不良会进一步削弱其肌肉功能，影响正常工作和生活。
2.骨质疏松：钙、维生素D等营养物质对骨骼健康至关重要。长期营养不良会导致钙摄入不足或吸收不良，同时维生素D缺乏会影响钙的吸收和利用，从而引起骨质疏松。骨质疏松会使骨骼变得脆弱，容易发生骨折，尤其是在受到轻微外力时。绝经后的女性本身雌激素水平下降，骨丢失加快，若再长期营养不良，患骨质疏松的风险会大大增加，即使是年轻女性，长期节食减肥等导致营养不良也可能影响骨骼的正常发育和维持，为日后的骨质疏松埋下隐患。
四、对神经系统的危害
1.认知功能下降：大脑的正常功能需要充足的营养供应，长期营养不良会影响大脑的代谢和神经递质的合成。例如，缺乏B族维生素会影响神经髓鞘的合成，导致认知功能下降，出现记忆力减退、注意力不集中等症状。对于长期从事高强度脑力劳动的成年人，大脑消耗营养物质较多，若长期营养不良，认知功能下降会对其工作效率和生活质量产生严重影响。有学习障碍病史或脑部曾受过伤的成年人，本身神经系统就可能存在一定问题，再加上长期营养不良，会进一步加重神经系统的损伤。
2.情绪和心理问题：营养不良还可能影响神经递质如5-羟色胺等的合成，从而导致情绪和心理问题，如抑郁、焦虑等。长期处于营养不良状态的成年人，心理状态更容易出现波动，这又会反过来影响其食欲和营养的摄入，形成恶性循环。对于有心理疾病家族史的成年人，长期营养不良会增加心理疾病发作或加重的风险，因为身体营养状况不佳会影响神经系统的平衡，进而影响心理状态。
