肌肉酸痛可能由多种因素引起，运动相关因素包括无氧运动过量和运动前热身不充分；疾病因素有感染性疾病（如流感病毒、链球菌感染等）和自身免疫性疾病（如类风湿关节炎、多发性肌炎等）；营养缺乏因素涉及维生素D缺乏和钙缺乏；其他因素包含睡眠不足和环境因素（长时间处于寒冷环境）。
一、运动相关因素
（一）无氧运动过量
短时间内进行大量无氧运动，比如突然加大运动量的力量训练等，身体会产生较多乳酸。乳酸堆积在肌肉中，就会引起肌肉酸痛。例如，平时很少运动的人突然进行高强度的俯卧撑练习，往往会在运动后的1-2天出现肌肉酸痛现象，这是因为无氧代谢产生的乳酸不能及时被代谢清除。
（二）运动前热身不充分
运动前没有进行充分的热身活动，肌肉、关节等没有进入良好的运动状态，运动时肌肉突然受到较大的负荷，容易导致肌肉拉伤或劳损，进而引起酸痛。比如跑步前只是简单活动一下，没有进行动态拉伸等充分热身，在跑步过程中或跑步后就可能出现腿部肌肉酸痛。
二、疾病因素
（一）感染性疾病
1.流感等病毒感染：病毒感染人体后，身体的免疫系统被激活，会产生炎症反应，同时病毒可能会释放一些毒素，这些都可能导致全身肌肉酸痛。例如流感患者除了有发热、咳嗽、流涕等症状外，还常常伴有全身肌肉酸痛，尤其是四肢肌肉较为明显。一般在流感康复后的1-2周内，肌肉酸痛的症状会逐渐缓解，但具体时间因个体差异和病情严重程度不同而有所不同。
2.细菌感染：某些细菌感染也可能引起肌肉酸痛。比如链球菌感染引起的风湿热，除了有发热、关节炎等表现外，还会出现肌肉酸痛的症状，并且这种肌肉酸痛可能会伴随关节的游走性疼痛等表现，病情如果控制不及时，可能会对心脏等重要器官造成损害。
（二）自身免疫性疾病
1.类风湿关节炎：这是一种以关节病变为主的慢性自身免疫性疾病，也会累及肌肉，导致肌肉酸痛。患者往往还伴有关节的肿胀、疼痛、僵硬等症状，通常在早晨起床时症状较为明显，活动后可稍有缓解，但随着病情进展，关节功能会逐渐受到影响。这种疾病多见于中老年人，但也可发生在任何年龄阶段，女性发病率相对较高。
2.多发性肌炎：主要表现为对称性的四肢近端肌肉无力、疼痛，同时伴有肌肉压痛。患者可能会出现行走困难、上楼梯费力等情况，血液检查可发现肌酶升高，如肌酸激酶等明显升高。该病可发生在各个年龄段，女性发病率高于男性。
三、营养缺乏因素
（一）维生素D缺乏
维生素D对于钙的吸收和利用至关重要，缺乏维生素D会影响肌肉的正常功能，导致肌肉酸痛。例如老年人由于户外活动减少，皮肤合成维生素D的能力下降，同时饮食中维生素D摄入不足，容易出现维生素D缺乏，进而引起肌肉酸痛。儿童如果维生素D缺乏，除了影响骨骼发育外，也可能出现肌肉酸痛等表现。
（二）钙缺乏
钙是肌肉收缩和舒张所必需的元素，钙缺乏会导致肌肉兴奋性增加，引起肌肉痉挛和酸痛。例如孕妇在孕期对钙的需求量增加，如果钙摄入不足，就可能出现小腿肌肉酸痛等症状；老年人钙流失较多，如果饮食中钙补充不够，也容易发生肌肉酸痛。
四、其他因素
（一）睡眠不足
长期睡眠不足会影响身体的代谢和恢复功能，肌肉在修复和代谢过程中可能会出现紊乱，从而导致肌肉酸痛。比如经常熬夜的人，第二天可能会感觉全身肌肉酸软无力，有酸痛感。一般保证充足的睡眠，7-8小时左右，肌肉酸痛的症状会逐渐缓解。
（二）环境因素
长时间处于寒冷环境中，肌肉血管收缩，血液循环不畅，也可能引起肌肉酸痛。例如在寒冷的冬季，没有做好保暖措施就进行户外活动，容易出现四肢肌肉酸痛的情况。当回到温暖环境中，适当保暖和活动后，症状可能会有所改善。
