隐球菌脑膜炎的治愈率通常在65%-75%之间，但实际预后受免疫状态、治疗时机及并发症等多重因素影响。
对于免疫功能正常的患者，若能在发病早期通过脑脊液墨汁染色、抗原检测等手段确诊，并规范使用氟康唑、两性霉素B等抗真菌药物，配合甘露醇降颅压、腰椎穿刺减压等综合治疗，多数患者可实现临床治愈。然而，艾滋病、器官移植术后等免疫抑制人群，因药物代谢能力下降及病原体清除困难，治愈率可能降至50%以下，且易复发。
需警惕的是，若延误治疗导致脑疝、严重脑积水等并发症，死亡率将显著升高。因此，高危人群（如养鸽者、长期使用免疫抑制剂者）出现头痛、发热、视力模糊等症状时，应立即就医进行脑脊液检查，争取在发病2周内启动治疗，以最大限度改善预后。
