巨脑回畸形的治疗方法包括药物治疗、物理治疗、手术治疗等。
1.药物治疗
约60%患者伴癫痫，需遵医嘱长期服用丙戊酸钠、卡马西平等药物，根据发作类型调整剂量，定期监测血药浓度及肝功能。对肌张力异常者，使用肌松剂如巴氯芬改善肢体僵硬或松弛，需严格遵医嘱用药。
2.物理治疗
针对运动障碍，进行肌力训练、平衡训练及共济失调矫正。言语治疗改善语言发育延迟，通过发音练习、词汇扩展提升沟通能力。
3.手术治疗
病灶切除术适用于药物难治性癫痫或严重神经功能缺损，通过磁共振和脑电图定位异常脑区，术中保留正常组织。若合并脑积水，可行脑室-腹腔分流术或第三脑室底造瘘术，缓解颅内压。
