卵巢囊肿的形成有多种因素，包括生理性的卵泡囊肿、黄体囊肿，病理性的子宫内膜异位囊肿（巧克力囊肿）、浆液性和黏液性囊腺瘤、卵巢赘生性肿瘤等，还与生活方式、环境、遗传等因素有关，长期不良生活方式、接触环境污染物、遗传基因突变等都可能增加卵巢囊肿发病风险。
一、生理性因素
（一）卵泡囊肿
正常情况下，卵泡发育成熟后会排卵，若卵泡未破裂或持续增大，就可能形成卵泡囊肿。女性每个月经周期都会有卵泡发育，一般来说，正常卵泡直径多在18-25mm之间，当卵泡超过这个范围且持续存在时，就可能发展为卵泡囊肿，这在有正常月经周期的女性中较为常见，与体内激素变化导致卵泡发育异常有关。
（二）黄体囊肿
排卵后卵泡壁塌陷形成黄体，若黄体持续存在且直径超过3cm则称为黄体囊肿。正常黄体是暂时性的内分泌结构，一般在月经周期的特定阶段存在，怀孕后黄体还会持续分泌激素以维持妊娠。但在非妊娠状态下，某些因素可能导致黄体持续增大形成囊肿，比如黄体期受到一些应激因素影响等，年轻有正常月经周期的女性相对更易出现这种情况。
二、病理性因素
（一）子宫内膜异位囊肿（巧克力囊肿）
1.发病机制
子宫内膜组织出现在子宫体以外的部位时称为子宫内膜异位症，当异位的子宫内膜长在卵巢上，随着月经周期反复出血，就会形成囊肿，囊肿内含有类似巧克力样的陈旧血性液体。这种情况在有生育史、月经不调或有盆腔手术史等情况的女性中较为高发，因为经血逆流等因素容易导致子宫内膜异位到卵巢部位，进而引发囊肿。
2.相关因素
有过宫腔操作史（如人工流产等）的女性，子宫内膜碎片可能通过输卵管进入盆腔种植在卵巢；本身有家族遗传易感性的女性，患子宫内膜异位症相关卵巢囊肿的风险也会增加；另外，长期精神压力大等因素可能影响机体的免疫和内分泌功能，也可能对子宫内膜异位囊肿的形成有一定影响。
（二）浆液性囊腺瘤和黏液性囊腺瘤
1.浆液性囊腺瘤
由单层立方上皮或柱状上皮覆盖的浆液性肿瘤，是常见的卵巢上皮性肿瘤。其发生可能与卵巢上皮细胞的异常增殖有关，具体机制尚不完全明确，但可能与长期的炎症刺激、激素水平异常等多种因素有关。这种肿瘤可发生于各个年龄段女性，中年女性相对多见。
2.黏液性囊腺瘤
由黏液性上皮覆盖的肿瘤，也是常见的卵巢上皮性肿瘤。同样与卵巢上皮细胞的异常增生相关，可能和输卵管上皮细胞的异位种植等因素有关，也可见于不同年龄段女性，有家族遗传倾向的人群发病风险可能相对较高。
（三）卵巢赘生性肿瘤
一些具有增殖活性的肿瘤细胞不断增殖形成卵巢赘生性肿瘤进而表现为囊肿，比如卵巢的生殖细胞肿瘤等，其具体发病原因可能涉及遗传基因突变等因素，家族中有相关肿瘤遗传病史的人群患病风险可能增加，而且这种肿瘤可发生在不同年龄阶段的女性身上。
三、其他因素
（一）生活方式因素
长期的不良生活方式可能影响卵巢功能从而诱发囊肿。比如长期熬夜会打乱人体的生物钟，影响内分泌系统的正常调节，导致激素水平失衡，可能增加卵巢囊肿的发生风险；过度减肥、营养不良等情况会使机体处于应激状态，也可能影响卵巢的正常生理功能，增加囊肿形成的可能性；长期高压力状态下，人体的神经-内分泌-免疫调节网络会受到影响，也可能对卵巢产生不利影响，增加卵巢囊肿的发病几率。
（二）环境因素
长期接触某些环境污染物也可能与卵巢囊肿的发生有关。例如长期处于含有某些化学有害物质的环境中，如某些工业污染区的空气、被污染的水源等，其中的有害化学物质可能通过多种途径影响人体内分泌和卵巢组织的代谢，从而增加卵巢囊肿的发病风险。
（三）遗传因素
部分卵巢囊肿具有遗传易感性，某些基因突变可能增加个体患卵巢囊肿的风险。例如BRCA1/BRCA2基因突变与遗传性乳腺癌-卵巢癌综合征相关，携带这些基因突变的女性患卵巢囊肿尤其是浆液性囊腺癌等的风险明显升高。有家族中有相关遗传病史的女性，需要更加密切关注自身卵巢健康状况，定期进行相关检查。
