并不存在跖疣的最好治疗方法，跖疣的治疗方法多样，包括局部药物治疗、物理治疗、免疫治疗和手术治疗。
1.局部药物治疗
水杨酸具有角质剥脱作用，可通过促进角质层的脱落来治疗跖疣。维A酸类药物可以调节表皮细胞的增殖和分化。有研究显示，维A酸软膏局部应用对一些跖疣有一定的治疗效果。
2.物理治疗
冷冻治疗是利用低温使疣体组织坏死脱落。液氮冷冻是常用的方法，通过将液氮喷射到疣体部位，使局部组织温度迅速降低，导致细胞结冰、破裂，从而达到治疗目的。激光治疗是利用高能激光束破坏疣体组织。它可以精准地去除疣体，对于一些较大或顽固的跖疣有较好的效果。电灼治疗是通过高频电流产生的热量破坏疣体。该方法能迅速去除疣体，但术后也需要注意创面的护理，防止感染。对于儿童患者，电灼治疗的风险相对较高，要充分评估后谨慎选择。
3.免疫治疗
干扰素具有抗病毒和免疫调节作用。局部注射干扰素可以通过调节机体的免疫功能来对抗引起跖疣的病毒。
4.手术治疗
对于少数经过多种保守治疗无效且疣体较大的跖疣患者，可以考虑手术切除。但手术治疗会有创面，术后需要注意伤口的护理，防止感染等并发症的发生。儿童进行手术治疗时，要充分考虑其身体的耐受性和术后恢复情况，由专业医生进行评估和操作。
