新生儿消化道出血病因多样，包括咽下综合征（胎儿吞入污染羊水致胃黏膜受损出血，多见于有难产、窒息史新生儿）、应激性溃疡（出生后遇应激状态致胃肠黏膜缺血、屏障受损、胃酸增加引发出血，如窒息复苏后）、新生儿出血症（维生素K缺乏致凝血因子合成不足，生后1-2周发病，表现为消化道出血）、坏死性小肠结肠炎（与早产、肠道缺血缺氧、感染、喂养不当等有关，病变累及肠道，有腹胀、呕吐、血便等伴消化道出血）、先天性消化道畸形（如食管闭锁伴气管食管瘘、先天性肠旋转不良、美克尔憩室等致消化道出血），还有其他少见病因如血液系统疾病、肠道血管畸形等也可引发。
一、咽下综合征
成因：胎儿在宫内时吞入较多被胎粪或母亲宫颈分泌物污染的羊水，出生后新生儿会因刺激胃黏膜导致胃酸及黏液分泌亢进而引起呕吐，频繁呕吐可能致使胃黏膜受损出血。此情况多见于有难产、窒息史的新生儿，主要是胎儿在产程中吞入了含有血液的物质或受到产道挤压等因素影响胃黏膜。
二、应激性溃疡
成因：新生儿在出生后遭遇各种应激状态时易发生，比如窒息、缺氧、寒冷损伤、严重感染、败血症等。在应激情况下，机体的交感-肾上腺髓质系统兴奋，胃肠黏膜血管收缩，导致黏膜缺血、缺氧，胃黏膜屏障功能受损，胃酸分泌增加，从而引发胃黏膜糜烂、溃疡出血。例如新生儿窒息复苏后，由于全身应激反应可导致胃肠道黏膜缺血，进而出现消化道出血。
三、新生儿出血症
成因：是由于维生素K缺乏引起的。维生素K参与凝血因子Ⅱ、Ⅶ、Ⅸ、Ⅹ的合成，新生儿体内维生素K储存不足，且肠道内合成维生素K的菌群尚未建立，同时母乳中维生素K含量相对较低，当新生儿有感染、腹泻等情况时更易诱发。常见于生后1-2周的新生儿，以消化道出血为主要表现，多为呕血或便血。
四、坏死性小肠结肠炎
成因：病因尚不十分明确，可能与早产、肠道缺血缺氧、感染、喂养不当等因素有关。早产新生儿肠道发育不成熟，肠道屏障功能差；缺血缺氧可导致肠黏膜损伤；细菌等病原体感染可侵袭肠道；不合理的喂养可能使肠道负担加重。病变可累及全肠道，以回肠、结肠多见，表现为肠黏膜坏死、溃疡，严重时可出现消化道出血，患儿常伴有腹胀、呕吐、血便等症状。
五、先天性消化道畸形
成因
食管闭锁伴气管食管瘘：是较为常见的先天性消化道畸形，胎儿发育过程中食管与气管分隔异常所致。患儿出生后即出现唾液不能下咽，频繁呕吐，呕吐物可含有胆汁，且易发生呛咳、发绀等，同时可伴有消化道出血，多因食管黏膜受损等原因引起。
先天性肠旋转不良：由于胚胎期肠旋转异常，导致肠道位置发生变异，肠系膜附着不全，易发生肠扭转，引起肠管缺血、坏死，从而出现消化道出血，常伴有呕吐、腹胀等表现。
美克尔憩室：是卵黄管退化不全所致的先天性畸形，憩室黏膜存在异位的胃黏膜或胰腺组织，可分泌胃酸和消化酶，腐蚀憩室周围黏膜引起溃疡、出血，多见于2岁以下小儿，但新生儿也有发病可能，表现为无痛性便血，可呈鲜血便或黑便。
六、其他少见病因
血液系统疾病：如新生儿血小板减少性紫癜、血友病等。血小板减少性紫癜是由于血小板数量减少或功能异常导致凝血障碍，可出现消化道出血；血友病是凝血因子缺乏引起的遗传性出血性疾病，也可能表现为消化道出血，此类疾病多有家族遗传倾向或相关实验室检查异常可助诊断。
肠道血管畸形：较少见，可能与胚胎发育过程中血管发育异常有关，可导致肠道血管破裂出血，引起消化道出血症状，需要通过进一步检查如血管造影等明确诊断。
