临床一般未明确急性肾盂肾炎最常见的致病菌是什么，急性肾盂肾炎常见致病菌为大肠埃希菌，占比超70%，另有肠球菌、克雷伯菌等次之。
大肠埃希菌作为肠道常驻菌，是急性肾盂肾炎的首要致病菌，多因尿道口至肠道的细菌逆行感染所致，该菌黏附力强，易侵入尿路黏膜并上行至肾盂，引发急性炎症反应，女性尿道短且靠近肛门，受此菌感染的概率远高于男性，也是临床中易检测到的致病菌类型，针对性抗菌治疗首选覆盖该菌的药物。
除大肠埃希菌外，其他致病菌占比约30%，主要包括肺炎克雷伯菌、变形杆菌、粪肠球菌、葡萄球菌等，少数情况下可见铜绿假单胞菌感染，这类致病菌多见于反复尿路感染、留置导尿管、合并糖尿病或免疫力低下的患者，部分还存在耐药性特点，增加治疗难度，偶见真菌、病毒感染，多发生在特殊体质或长期用抗生素的人群中。
出现尿频尿急、腰痛发热、寒战血尿等症状，需立即就医查尿常规与尿培养，明确致病菌后对症用药，避免延误引发慢性肾盂肾炎、肾脓肿等并发症。
