肛瘘主要由肛周脓肿发展而来，其形成机制涉及感染因素（肠道细菌感染、特异性感染）、解剖因素（肛腺解剖特点、肛管直肠环结构）及其他因素（免疫功能低下、不良生活方式），肠道细菌易侵入肛隐窝致肛隐窝炎进而形成脓肿发展为肛瘘，结核杆菌感染可致结核性肛瘘，肛腺易受污染感染致肛瘘，肛管直肠环附近炎症等影响肛瘘及手术，免疫功能低下者易患肛瘘，长期饮酒、吃辛辣、便秘或腹泻等不良生活方式增加肛瘘形成风险。
一、感染因素相关
1.肠道细菌感染：肠道内存在大量细菌，正常情况下肛周皮肤和组织可抵御细菌入侵，但当机体抵抗力下降时，肠道细菌容易侵入肛隐窝。肛隐窝是肛瓣与肛柱之间形成的小隐窝，形状类似口袋，容易积存粪便和细菌，细菌感染肛隐窝后，会引起肛隐窝炎，炎症进一步向周围蔓延，可导致肛周间隙感染形成脓肿，进而发展为肛瘘。例如，有研究表明，大肠杆菌、金黄色葡萄球菌等常见肠道细菌是引发肛周脓肿及后续肛瘘形成的主要致病菌。
2.特异性感染：某些特异性感染也可能导致肛瘘形成，如结核杆菌感染。结核杆菌感染肛周组织后，会引起慢性炎症，病变不易愈合，容易形成结核性肛瘘。这类肛瘘的病程相对较长，治疗相对复杂，与非特异性感染导致的肛瘘在临床表现和治疗上有一定差异。
二、解剖因素相关
1.肛腺解剖特点：肛腺是位于肛隐窝底部的小腺体，其导管开口于肛隐窝。肛腺的分支广泛，可深入到肛管直肠周围的间隙中。这种特殊的解剖结构使得肛腺容易受到粪便等异物的污染而发生感染，一旦肛腺感染，炎症容易沿着腺管向周围组织蔓延，是肛瘘形成的重要解剖学基础。不同年龄阶段的人群，肛腺的发育情况有所不同，儿童的肛腺相对较浅，感染后向周围蔓延的范围相对有限，但也可能引发肛瘘；而成年人肛腺发育更完善，感染后更容易形成广泛的肛周间隙感染进而导致肛瘘。
2.肛管直肠环结构：肛管直肠环由肛管内括约肌、直肠壁纵肌的下部、肛管外括约肌的浅部、深部及邻近的部分肛提肌（耻骨直肠肌）纤维共同组成，此环对肛管起着重要的括约作用。在肛瘘形成过程中，肛管直肠环附近的感染和炎症可能会影响其功能，而且在肛瘘手术中，若损伤肛管直肠环，可能会导致肛门失禁等严重并发症。不同性别在肛管直肠环的解剖结构上并无明显差异，但女性由于盆腔结构等因素，在肛瘘的诊断和治疗中需要考虑与男性不同的解剖特点对手术操作的影响。
三、其他因素相关
1.免疫功能低下：患有某些全身性疾病导致免疫功能低下的人群，如糖尿病患者，其机体对细菌的抵抗力减弱，容易发生肛周感染，且感染后不易控制，更容易发展为肛周脓肿并进而形成肛瘘。糖尿病患者由于血糖水平升高，有利于细菌生长繁殖，同时高血糖状态会影响白细胞的功能，使机体的抗感染能力下降。对于糖尿病合并肛瘘的患者，在治疗肛瘘的同时，控制血糖是非常重要的基础治疗措施。
2.不良生活方式：长期饮酒、进食大量辛辣刺激性食物的人，容易导致肛管直肠局部充血，降低局部组织的抵抗力，增加肛周感染的风险。例如，长期酗酒者，酒精会影响肝脏的解毒功能和机体的免疫调节功能，使肛周组织更容易受到细菌侵袭。此外，长期便秘或腹泻的人，粪便对肛管直肠的刺激增加，也容易引发肛隐窝炎等病变，进而增加肛瘘形成的可能性。便秘患者粪便干结，排便时对肛隐窝和肛管直肠黏膜的机械性损伤增加；腹泻患者肠道分泌物增多，频繁刺激肛周皮肤和组织，都不利于肛周组织的健康。
