肛瘘主要是肛管直肠与肛周皮肤间的异常通道，有流脓、肿痛等表现；尖锐湿疣是由人乳头瘤病毒感染引起，表现为肛周等部位的疣状赘生物。
首先，肛瘘多有肛周反复流脓、肿痛病史，检查可见瘘管外口；而尖锐湿疣初起多为淡红色小丘疹，逐渐增大增多，呈菜花状等外观。其次，肛瘘一般需手术治疗来修复瘘管；尖锐湿疣可采用激光、冷冻等去除疣体并抗病毒治疗。再者，肛瘘是感染性疾病，尖锐湿疣是病毒性传播疾病。
另外，肛瘘患者肛周会有异常的通道表现，伴有炎症反应；尖锐湿疣主要是皮肤黏膜的新生物样改变，有病毒感染特性。
还有，肛瘘的症状主要围绕瘘管相关，而尖锐湿疣重点在皮肤黏膜的赘生物及病毒感染特征。
