晨起嘴巴又苦又臭可能由多种因素引起，包括口腔局部因素如清洁不彻底、口腔疾病；全身系统疾病因素如消化系统的胆汁反流性胃炎、胃溃疡十二指肠溃疡，呼吸系统的鼻窦炎、咽喉炎；其他因素如饮食、药物、内分泌紊乱等，不同人群受各因素影响情况不同。
口腔疾病：如龋齿，龋洞内易残留食物，滋生细菌，产生难闻气味；牙龈炎、牙周炎患者，牙龈部位有炎症，会有炎性分泌物，同时细菌大量繁殖，也会导致口苦口臭。不同年龄段人群患病风险不同，儿童可能因爱吃糖且刷牙不认真患龋齿，老年人由于牙龈萎缩等原因易患牙周炎。
全身系统疾病因素
消化系统疾病：
胆汁反流性胃炎：幽门括约肌功能失调等原因可致胆汁反流进入胃，再反流入食管甚至口腔，从而引起口苦。中老年人患此病的几率相对较高，且可能因胃肠蠕动功能减弱等因素诱发。
胃溃疡、十二指肠溃疡：这类患者胃肠消化功能紊乱，食物在胃内排空延迟，易产生异味，同时可能伴随胃酸分泌异常等情况，也会导致口苦口臭。不同性别在患病概率上无绝对差异，但生活不规律等因素会增加患病风险，进而引发晨起嘴巴又苦又臭。
呼吸系统疾病：如鼻窦炎、咽喉炎等。鼻窦炎患者鼻腔内分泌物倒流至咽部，可引起异味；咽喉炎患者咽喉部有炎症，分泌物增多且细菌滋生，也会导致口腔异味、口苦。各个年龄段都可能患病，比如儿童感冒后若引发鼻窦炎未及时治疗，就可能出现此类症状。
其他因素
饮食因素：前一天食用大量辛辣、油腻、刺激性食物，或吸烟、饮酒过度，这些物质在体内代谢后可能通过口腔排出异味，导致晨起嘴巴又苦又臭。不同生活方式人群受影响不同，长期吸烟饮酒者风险更高，儿童若接触到大人吸烟等情况也可能间接受影响，但儿童一般较少主动吸烟饮酒。
药物因素：某些药物服用后可能有口苦的副作用，如降压药、降糖药等。不同用药人群需留意药物说明书，若服用相关药物后出现晨起嘴巴又苦又臭情况，可咨询医生是否与药物副作用有关。
内分泌紊乱：如糖尿病患者血糖控制不佳时，可能出现酮症酸中毒，导致口腔有烂苹果味，同时伴有口苦；更年期女性由于内分泌变化，也可能出现口腔异味等情况。更年期女性内分泌波动明显，糖尿病患者需严格控制血糖来降低相关风险。
