小儿腹泻的原因包括感染因素和非感染因素。感染因素有病毒感染（轮状病毒、诺如病毒等）和细菌感染（大肠埃希菌、空肠弯曲菌、耶尔森菌等）；非感染因素有饮食因素（喂养不当、过敏因素等）、气候因素、肠道外感染及环境改变等因素。
轮状病毒：是引起小儿腹泻最常见的病毒之一，多见于6-24个月的婴幼儿。轮状病毒主要通过粪-口途径传播，也可通过气溶胶形式经呼吸道感染而致病。病毒侵入肠道后，在小肠绒毛顶端的柱状上皮细胞内复制，使绒毛细胞受损，导致小肠黏膜回吸收水分和电解质的功能发生障碍，引起腹泻。
诺如病毒：全年均可发生感染，寒冷季节高发，主要通过污染的水源、食物、物品、空气等传播。儿童感染诺如病毒后，可出现呕吐、腹泻等症状，病程一般较短，多数为自限性。
细菌感染：
大肠埃希菌：分为产毒性大肠埃希菌、侵袭性大肠埃希菌等。产毒性大肠埃希菌可产生不耐热肠毒素和耐热肠毒素，影响肠道上皮细胞的功能，导致肠液分泌增加而引起腹泻；侵袭性大肠埃希菌可直接侵入肠黏膜组织，引起炎症反应，出现黏液脓血便等症状，多见于较大儿童。
空肠弯曲菌：主要通过污染的食物和水传播，常引起散发性或爆发性腹泻，可伴有发热、腹痛等症状，多见于夏季。
耶尔森菌：多由食用污染的食物引起，主要侵犯小肠和结肠，可导致腹泻、腹痛、发热等症状，儿童是易感人群。
非感染因素
饮食因素：
喂养不当：婴幼儿消化系统发育尚未成熟，消化酶分泌较少，消化功能较弱。如果喂养不定时、喂养量不当，如喂食过多、过少，过早添加大量淀粉类或脂肪类食物，或者突然改变食物种类等，都可引起消化功能紊乱，导致腹泻。例如，过早添加辅食中含有不易消化的成分，就可能引发小儿腹泻。
过敏因素：部分小儿可能对牛奶、大豆等食物中的蛋白质过敏，进食后可出现腹泻症状，常伴有皮疹、呕吐等其他过敏表现。
气候因素：
气候变化如腹部受凉，可使肠蠕动增加；天气过热，消化液分泌减少，且小儿饮水较多，稀释了消化液，这些都可能诱发小儿腹泻。例如，冬季小儿腹部保暖不当，容易引起腹泻。
其他因素：
肠道外感染，如患中耳炎、上呼吸道感染、肺炎、肾盂肾炎等疾病时，可由于发热和病原体的毒素作用而导致消化功能紊乱，出现腹泻症状。
婴幼儿的神经系统对胃肠道的调节功能较差，如果环境突然改变，小儿不适应，也可能引起腹泻。
