总胆固醇低的原因包括饮食不均衡（长期摄入低脂肪低胆固醇且种类单一的食物、儿童挑食偏食、女性过度节食等致胆固醇来源不足）、肝脏疾病（如肝硬化致肝脏合成胆固醇能力下降）、内分泌疾病（甲亢时甲状腺激素过多致胆固醇合成等加快）、药物影响（某些降脂药等不当使用或长期使用致胆固醇水平下降）、恶性肿瘤（肿瘤细胞消耗营养及影响代谢致胆固醇低）、长期大量饮酒（损害肝脏功能影响胆固醇代谢合成）。
一、营养摄入方面
饮食不均衡：长期摄入低脂肪、低胆固醇的食物，且种类过于单一，例如只吃素食，缺乏富含胆固醇的食物（如动物内脏等）的合理摄入，就可能导致总胆固醇低。研究表明，人体所需的胆固醇有部分可自身合成，但从食物中摄取是重要补充途径，若饮食中胆固醇来源严重不足，会使总胆固醇水平下降。对于儿童来说，若长期挑食、偏食，可能影响生长发育所需的营养平衡，包括胆固醇的正常水平维持；女性若为追求身材过度节食，也易出现这种情况。
二、疾病因素
肝脏疾病：肝脏是合成胆固醇的主要场所，当患有严重的肝脏疾病时，如肝硬化，肝脏功能受损，其合成胆固醇的能力下降，会导致总胆固醇低。例如，肝硬化患者肝细胞大量受损，影响了胆固醇合成相关酶的活性及合成过程，进而使总胆固醇水平降低。在儿童中，先天性肝脏发育异常等疾病也可能影响胆固醇合成；对于有基础肝脏病史的人群，需定期监测胆固醇水平。
内分泌疾病：甲状腺功能亢进症患者，甲状腺激素分泌过多，机体代谢亢进，胆固醇的合成、转化及排泄都会加快，从而导致总胆固醇低。研究发现，甲状腺激素可促进胆固醇在肝脏内转化为胆汁酸，甲亢时这一过程加速，使得总胆固醇水平降低。女性甲亢患者相对更为常见，在孕期的特殊生理状态下若合并甲亢，对总胆固醇水平的影响更需关注；儿童甲亢相对少见，但一旦发生，对生长发育及代谢的影响较大。
三、其他因素
药物影响：某些药物的使用可能会导致总胆固醇低，例如一些降脂药物，若使用不当或长期使用，可能会过度抑制胆固醇的合成或代谢，从而使总胆固醇水平下降。对于正在服用可能影响胆固醇代谢药物的人群，如长期服用某些抗癫痫药物等，需要密切监测总胆固醇水平。在儿童用药时，更要谨慎评估药物对胆固醇代谢的影响，因为儿童处于生长发育阶段，药物影响可能对其远期健康产生潜在作用；老年患者由于肝肾功能减退，药物代谢能力下降，使用相关药物时更易出现总胆固醇低的情况。
恶性肿瘤：一些恶性肿瘤患者，由于肿瘤细胞的生长繁殖等消耗大量营养物质，并且可能影响机体的代谢功能，包括胆固醇的代谢，导致总胆固醇低。例如，晚期肿瘤患者常常出现营养不良、代谢紊乱，其中就可能有总胆固醇水平降低的表现。对于老年恶性肿瘤患者，本身身体机能衰退，再加上肿瘤的影响，总胆固醇低的情况可能更为复杂；儿童恶性肿瘤相对罕见，但一旦发生，其对代谢及营养状况的影响也需要关注。
长期大量饮酒：长期大量饮酒会损害肝脏功能，影响肝脏对胆固醇的代谢和合成，进而导致总胆固醇低。酒精进入人体后主要在肝脏代谢，长期大量饮酒会干扰肝脏的正常代谢途径，影响胆固醇相关的代谢过程。男性长期大量饮酒者相对更易出现这种情况，而女性由于生理结构及代谢特点，在同等饮酒量下可能受影响更明显；对于有长期饮酒史的人群，无论年龄性别，都应注意监测总胆固醇水平，并考虑逐步减少饮酒量甚至戒酒来改善代谢状况。
