褪黑素常见副作用有神经系统相关的嗜睡、头痛，消化系统相关的胃肠道不适，还可能影响激素水平、引发过敏反应，儿童青少年、孕妇哺乳期女性及有基础疾病人群使用风险更高，儿童青少年因内分泌等未成熟外源性补充易干扰生长发育节律，孕妇哺乳期女性安全性未明确，心血管疾病患者服用可能影响心血管指标，肝肾功能不全者因代谢排泄受影响易致药物蓄积增加副作用风险。
神经系统相关副作用
嗜睡：褪黑素可能导致使用者出现不同程度的嗜睡症状，尤其是在初次服用或剂量把握不当时。研究发现，部分人服用后会明显感到困倦，影响日常的工作、学习等活动，这是因为褪黑素对中枢神经系统有一定的抑制作用，会干扰正常的清醒-睡眠节律调节，进而引发嗜睡表现。对于需要保持清醒状态从事驾驶、操作精密仪器等工作的人群，嗜睡副作用可能带来安全隐患。
头痛：有部分人在服用褪黑素后会出现头痛症状。其具体机制尚不十分明确，但可能与褪黑素对脑血管等神经相关结构的影响有关。不同个体对褪黑素的反应存在差异，一些人可能较为敏感，服用后就会出现头痛情况，这会给使用者带来身体上的不适和心理上的困扰。
消化系统相关副作用
胃肠道不适：包括恶心、呕吐、腹痛、腹泻等。褪黑素可能影响胃肠道的正常蠕动和消化功能。例如，它可能刺激胃肠道黏膜，导致胃肠道的应激反应，从而出现上述不适症状。对于本身胃肠道功能较弱的人群，如患有慢性胃炎、胃溃疡等疾病的人，服用褪黑素后胃肠道不适的发生率可能相对更高，会加重原有胃肠道疾病的症状或引发新的胃肠道问题。
其他方面的副作用
激素水平影响：长期大剂量服用褪黑素可能会干扰人体自身的激素分泌平衡。人体自身会分泌内源性褪黑素，长期外源性补充褪黑素可能会抑制垂体分泌促性腺激素等，进而影响性激素等其他激素的分泌。对于育龄期女性，可能会影响月经周期等；对于儿童和青少年，可能会干扰其正常的生长发育相关激素调节，因为他们的内分泌系统尚在发育完善过程中，对外源性褪黑素的干扰更为敏感。
过敏反应：虽然相对较少见，但也有个别人群会对褪黑素过敏。过敏反应可表现为皮肤瘙痒、皮疹、红肿，严重时可能出现呼吸困难等过敏性休克的表现。过敏反应的发生与个体的过敏体质有关，有过敏史的人群在服用褪黑素前需要格外谨慎，一旦出现过敏相关症状应立即停药并就医。
特殊人群的褪黑素副作用风险
儿童和青少年
儿童和青少年处于生长发育阶段，其内分泌系统、神经系统等尚未完全成熟。外源性补充褪黑素可能会对他们自身的褪黑素分泌调节系统造成干扰，影响正常的生长发育节律。例如，可能影响生长激素的分泌，进而影响身高增长等。所以一般不建议儿童和青少年常规使用褪黑素，除非是在医生严格评估且有明确适应证的情况下，因为儿童和青少年对褪黑素副作用的耐受能力和反应与成人不同，风险相对更高。
孕妇和哺乳期女性
孕妇和哺乳期女性服用褪黑素的安全性尚未得到充分明确的研究证实。褪黑素可能会通过胎盘或乳汁传递给胎儿或婴儿，对其生长发育可能产生未知的影响。所以孕妇和哺乳期女性应避免自行服用褪黑素，如有睡眠相关问题需要解决，应在医生的指导下通过非药物的方式，如调整作息、改善睡眠环境等方法来尝试改善睡眠，而不是首先考虑使用褪黑素。
有基础疾病的人群
心血管疾病患者：患有高血压、冠心病等心血管疾病的人群，服用褪黑素可能会对心血管系统产生一定影响。例如，可能影响血压、心率等指标。褪黑素可能会引起血管收缩或舒张功能的变化，对于心血管疾病患者本身不稳定的心血管状态可能会产生不良影响，所以这类人群在服用褪黑素前需要咨询医生，评估服用褪黑素的风险和收益。
肝肾功能不全者：肝肾功能不全的人群，由于药物的代谢和排泄主要依靠肝肾功能，褪黑素在体内的代谢可能会受到影响，导致药物在体内蓄积，增加副作用发生的风险。所以肝肾功能不全者服用褪黑素需要格外谨慎，应在医生的密切监测下使用。
