肛瘘绝大多数为继发于肛周感染性疾病，主要原因包括肛周脓肿未及时治疗、肛门腺感染、局部慢性炎症或基础疾病影响、免疫功能低下状态及局部外伤或手术相关感染等。
一、肛周脓肿未及时治疗
1. 肛周脓肿是肛瘘最主要的直接病因，临床研究显示约70%~95%的肛瘘患者存在肛周脓肿病史。肛周脓肿多由肛腺感染扩散至肛周间隙形成，若脓肿未规范切开引流或自行破溃后，局部炎症持续存在，脓腔逐渐纤维化形成瘘管，最终发展为肛瘘。婴幼儿及儿童因肛周皮肤较薄、感染扩散速度快，若肛周脓肿未及时干预，肛瘘发生率较成人高2~3倍。
二、肛门腺感染
1. 肛门腺位于肛窦底部，与肛周间隙相通，其导管开口易因粪便嵌塞、腹泻或便秘导致的肛窦损伤而引发感染。感染沿腺管向肛周间隙扩散，形成脓肿。若脓肿未彻底清除，感染可通过括约肌间蔓延，在肛门内外形成内外口相通的瘘管。糖尿病患者因血糖升高影响局部微循环，降低免疫细胞杀菌能力，肛腺感染后更易扩散形成肛瘘。
三、局部慢性炎症或基础疾病影响
1. 克罗恩病、溃疡性结肠炎等肠道炎症性疾病可破坏肛周组织正常结构与血液循环，导致反复感染和肛周组织坏死，增加肛瘘发生风险。临床数据显示，炎症性肠病患者肛瘘发生率较普通人群高5~8倍。长期使用糖皮质激素或免疫抑制剂的患者，感染控制能力减弱，肛周感染后愈合能力显著下降，易继发肛瘘。
四、免疫功能低下状态
1. 长期营养不良、慢性肾病、HIV感染等导致免疫功能低下时，机体对感染的清除能力下降，肛周感染后炎症扩散速度加快，难以形成有效包裹，易发展为肛瘘。老年人群因组织修复能力不足，若发生肛周感染，肛瘘发生率较中青年人群高1.5~2倍。
五、局部外伤或手术相关感染
1. 肛门直肠损伤（如异物损伤、手术操作损伤）后，局部组织出现缺血或坏死，易继发细菌感染，若感染未得到及时控制，可形成肛瘘。肛周手术（如内痔结扎术）后若伤口护理不当，残留创腔感染或引流不畅，也可能引发肛瘘。糖尿病患者术后伤口愈合时间延长，感染风险显著增加，肛瘘发生率较非糖尿病患者高2~3倍。
