咖啡有多种不良影响，过量摄入会影响睡眠，长期大量喝会增加骨质疏松风险，刺激胃肠道，影响心血管系统，孕妇喝咖啡需谨慎因其可通过胎盘影响胎儿发育，哺乳期女性喝咖啡后咖啡因会通过乳汁传递给婴儿致婴儿不适所以也需控制摄入量。
咖啡中含有的咖啡因是一种中枢神经系统兴奋剂，它可以阻断腺苷受体，从而使人保持清醒状态。对于大多数健康成年人来说，过量摄入咖啡（一般指每天摄入超过400毫克咖啡因，相当于4-5杯8盎司的咖啡）可能会导致入睡困难、睡眠浅、睡眠时间缩短等睡眠问题。例如，有研究表明，在下午或晚上摄入含咖啡因的饮品后，受试者的睡眠潜伏期会延长，睡眠效率会降低。对于有睡眠障碍病史或对咖啡因敏感的人群，如患有失眠症的人、老年人（老年人对咖啡因的代谢能力下降，更容易受到其影响），喝咖啡可能会进一步加重睡眠问题。
增加骨质疏松风险
咖啡因会增加钙的排泄。人体每天需要一定量的钙来维持骨骼的健康，长期大量喝咖啡可能导致钙流失过多，使骨密度降低，从而增加骨质疏松的发生风险。一项对绝经后女性的研究发现，每天摄入超过300毫克咖啡因的女性，其髋部骨密度下降的速度比摄入咖啡因较少的女性更快。对于本身钙摄入不足的人群，如饮食中钙含量较低的人、青春期骨骼发育需要大量钙的青少年，喝咖啡过量会对骨骼健康产生更不利的影响。
刺激胃肠道
咖啡因会刺激胃酸分泌。正常情况下，胃酸分泌有一定的平衡，但过量的胃酸可能会引起胃部不适，如胃痛、胃胀、反酸等症状。对于本身就有胃肠道疾病的人群，如患有胃溃疡、胃炎的人，喝咖啡可能会加重病情。因为胃酸分泌过多会损伤胃黏膜，影响溃疡面的愈合等。而且，不同人群对咖啡因刺激胃肠道的反应不同，比如一些胃肠道敏感的人，即使少量喝咖啡也可能出现不适症状。
影响心血管系统
短期大量喝咖啡可能会使心率加快、血压升高。对于健康人来说，偶尔短时间内摄入较多咖啡因可能只是引起暂时的心率和血压波动，但对于本身有心血管疾病的人群，如高血压患者、心律失常患者等，喝咖啡可能会导致病情不稳定。有研究显示，高血压患者在摄入咖啡因后，收缩压和舒张压会有不同程度的升高。而且，长期大量喝咖啡对心血管系统的长期影响也需要关注，可能会增加心血管疾病的发病风险。例如，有研究发现长期大量喝咖啡的人群，患某些心血管疾病的几率相对较高。
对孕妇和胎儿的影响
孕妇喝咖啡需要谨慎。咖啡因可以通过胎盘进入胎儿体内，可能会影响胎儿的生长发育。过量摄入咖啡因可能导致胎儿宫内发育迟缓、流产等风险增加。一般建议孕妇每天咖啡因摄入量不超过200毫克。因为胎儿在发育过程中，对咖啡因的代谢能力较弱，容易受到其影响。同时，哺乳期女性喝咖啡后，咖啡因也会通过乳汁传递给婴儿，可能会引起婴儿烦躁、睡眠不安等问题，所以哺乳期女性也需要控制咖啡的摄入量。
