多系统萎缩后期运动功能障碍加重致步态不稳难独立行走、精细动作困难，自主神经功能衰竭可致心血管系统严重直立性低血压、泌尿系统严重尿失禁或尿潴留、消化系统吞咽困难加重，呼吸功能受影响出现呼吸功能不全，部分患者有认知障碍及精神症状与神经系统广泛病变累及相关脑区有关。
多系统萎缩后期运动功能障碍会进一步加重，患者可能出现严重的步态不稳，几乎无法独立行走，需要长期依赖轮椅等辅助器具。由于肌肉僵硬、运动协调能力极差，患者的日常精细动作，如拿取物品、穿衣等都变得极为困难，这是因为神经系统病变导致运动调控相关神经通路受损，使得肌肉的随意运动控制能力大幅下降，年龄较大的患者可能因为长期卧床而出现肌肉萎缩等情况，而有基础运动系统疾病病史的患者病情会进展得更为迅速。
自主神经功能衰竭相关症状
心血管系统：后期可出现严重的直立性低血压，患者从卧位或坐位站起时血压急剧下降，导致头晕、黑矇，甚至晕厥，这是因为自主神经系统中调节血压的神经功能紊乱，影响了血管的收缩舒张功能。老年患者本身血压调节机制就相对较弱，此时更容易发生低血压相关的不良事件，有心血管病史的患者可能会加重原有的心脏供血不足等问题。
泌尿系统：出现严重的尿失禁或尿潴留，由于膀胱逼尿肌等功能失调，无法正常控制排尿，男性患者可能还会伴有前列腺相关自主神经功能障碍，但多系统萎缩导致的泌尿系统问题主要是神经源性的。对于老年男性患者，本身可能就存在前列腺增生等基础问题，此时多系统萎缩相关的自主神经病变会使其排尿功能障碍雪上加霜。
消化系统：会有吞咽困难加重的情况，进而导致进食减少、体重下降，这是因为食管、胃肠道等部位的自主神经受累，影响了蠕动等消化相关功能。有消化系统基础疾病病史的患者可能会因为营养摄入不足而加重原有病情。
呼吸功能相关症状
后期患者呼吸肌功能受到影响，出现呼吸功能不全，表现为呼吸浅快、肺活量下降，严重时需要依赖呼吸机辅助呼吸。这是由于控制呼吸的神经肌肉系统受损，年龄较大的患者呼吸储备功能本身就较低，此时更容易出现呼吸衰竭相关问题，有肺部基础疾病病史的患者则可能因呼吸功能的进一步恶化而加重肺部感染等风险。
认知与精神症状
部分患者后期会出现认知障碍，表现为记忆力减退、注意力不集中、执行功能下降等，还可能伴有精神症状，如抑郁、焦虑等。认知和精神症状的出现与神经系统广泛病变累及相关脑区有关，对于老年患者，本身认知功能随年龄下降的基础上，多系统萎缩会加速认知功能的衰退，有精神病史的患者可能会使原有的精神症状复发或加重。
