六指畸形由遗传因素和环境因素相互作用导致，遗传因素有特定基因突变及不同遗传模式，胚胎期就起作用；环境因素包括孕期母体接触化学物质、病毒感染、辐射、不良生活习惯及营养状况等，高龄孕妇风险更高；综合因素下胚胎发育受影响致手指异常，且六指畸形发生与性别无明显差异。
环境因素
孕期母体因素：孕妇在怀孕期间的一些不良环境因素可能增加胎儿出现六指畸形的风险。比如，孕期接触某些化学物质，像工业污染物中的某些重金属（如铅等）、农药等，这些化学物质可能通过胎盘影响胎儿的发育，干扰手指的正常分化和形成。另外，孕妇在孕期感染某些病毒，如风疹病毒等，病毒感染可能会影响胚胎的发育，导致手指发育异常出现六指畸形。此外，孕期母体受到辐射照射，无论是医疗辐射还是环境中的辐射，过高剂量的辐射可能会损害胚胎细胞的遗传物质和正常发育过程，从而增加六指畸形的发生概率。生活方式方面，孕妇如果有吸烟、酗酒等不良生活习惯，烟草中的尼古丁、酒精等成分都可能对胎儿发育产生不利影响，增加胎儿出现畸形包括六指畸形的风险。
其他环境相关因素：在胎儿发育的关键时期，所处的环境中的一些不利因素都可能起到作用。例如，母体在孕期的营养状况也与胎儿发育密切相关，如果孕期母体缺乏某些重要的营养素，如维生素A等，可能会影响胚胎的正常发育，导致手指形成异常。不同年龄阶段的孕妇，其身体状况和对环境因素的耐受能力等有所不同，一般来说，高龄孕妇相对年轻孕妇可能面临更高的胎儿畸形风险，包括六指畸形，因为随着年龄增长，卵子质量可能下降，更容易出现染色体等方面的异常，从而影响胎儿发育。
综合因素
六指畸形往往是遗传因素和环境因素相互作用的结果。即使存在遗传易感性，如果孕期没有接触明显的不良环境因素，可能不会发病；反之，即使环境因素存在，如果胎儿本身的基因没有导致六指畸形的突变，也可能不会出现六指畸形。在胚胎发育的整个过程中，多个环节都可能受到这两种因素的影响，最终导致手指的发育异常形成六指畸形。例如，一个具有六指畸形遗传易感性的胚胎，如果在孕期接触了较高剂量的辐射，就更有可能出现六指畸形的表现。对于不同性别的胎儿，在遗传和环境因素的影响下，出现六指畸形的概率并没有明显的性别差异，但在具体的发育过程中，可能会因为性染色体等因素对基因表达等方面的细微影响，导致在一些细微的发育环节上有所不同，但总体上六指畸形的发生与性别关系不大。
