脑积水的因素包括先天的遗传因素（某些遗传基因突变致脑脊液循环相关结构异常及胎儿发育异常如神经管闭合不全等）和后天的颅内感染（致蛛网膜下腔粘连）、颅内出血（致脑脊液循环通路阻塞）、颅内肿瘤（压迫脑脊液循环通路）、颅脑外伤（致颅内出血、脑组织损伤及脑膜粘连等影响脑脊液循环）。
遗传因素：某些遗传基因突变可能导致胎儿在发育过程中出现脑脊液循环相关结构的异常，从而引发脑积水。例如，与纤毛功能相关的基因发生突变，纤毛在脑脊液的流动调节等过程中起重要作用，基因异常会影响其功能，进而影响脑脊液的正常循环，增加脑积水发生风险。这种情况在有家族遗传病史的人群中相对更易出现，胎儿从父母遗传了异常基因，在胚胎发育早期就可能出现脑脊液循环通路的先天性缺陷。
胎儿发育异常：在胚胎时期，如神经管闭合不全等情况，会影响脑脊液的正常生成和循环通路的形成。神经管闭合不全可导致脑室系统与蛛网膜下腔之间的通道发育异常，使得脑脊液不能顺利地从脑室流向蛛网膜下腔进行吸收，从而在脑室内积聚，引起脑积水。这种发育异常可能受孕期母亲的营养状况、接触有害物质（如某些药物、化学毒物等）等因素影响，母亲在怀孕早期如果缺乏叶酸等重要营养素，或者接触了辐射、某些致畸药物等，都可能干扰胎儿神经管的正常闭合，增加胎儿脑积水的发生几率。
后天因素
颅内感染：婴幼儿时期发生脑膜炎等颅内感染性疾病时，炎症可能导致蛛网膜下腔粘连，阻碍脑脊液的正常循环和吸收。例如，细菌性脑膜炎时，炎症渗出物会粘连蛛网膜颗粒，蛛网膜颗粒是脑脊液回吸收进入静脉系统的重要结构，其粘连会使脑脊液回吸收受阻，脑脊液在脑室内积聚，引起脑积水。儿童时期如果患过严重的颅内感染，如化脓性脑膜炎，在感染控制后仍有可能出现脑积水的并发症，这与感染导致的蛛网膜下腔粘连等病理改变有关。
颅内出血：新生儿产伤或其他原因引起的颅内出血，如脑室周围-脑室内出血，血液可能会阻塞脑脊液的循环通路。血液在脑室内积聚，会影响脑脊液的正常流动，同时血液的分解产物等还可能进一步加重局部的炎症反应和粘连，导致脑脊液循环受阻，进而引发脑积水。早产儿由于脑血管发育不完善，更容易发生颅内出血，且一旦发生颅内出血，发生脑积水的风险相对较高。例如，早产儿在出生后因各种原因出现脑室内出血，随着病情发展，可能会逐渐出现脑室扩大等脑积水的表现。
颅内肿瘤：颅内的肿瘤可占据颅内空间，压迫脑脊液循环通路，导致脑脊液循环受阻。例如，第三脑室、导水管附近的肿瘤，容易阻塞脑脊液的循环通路，使脑脊液不能顺利通过这些部位进行循环，从而引起梗阻性脑积水。不同年龄段的人群都可能发生颅内肿瘤，儿童时期常见的颅内肿瘤如髓母细胞瘤等，成人常见的如脑膜瘤等，当肿瘤生长在脑脊液循环通路附近时，就可能导致脑积水。肿瘤的占位效应不仅直接阻塞通路，还可能引起周围脑组织的水肿等继发性改变，进一步加重脑脊液循环障碍。
颅脑外伤：头部受到外伤后，可能会导致颅内出血、脑组织损伤以及脑膜粘连等情况，从而影响脑脊液的循环。例如，头部外伤后引起蛛网膜下腔出血，血液吸收过程中可能形成粘连，阻碍脑脊液的正常循环；或者外伤导致脑室系统的结构受损，引起脑脊液循环通路的机械性梗阻，进而引发脑积水。成人在遭受颅脑外伤后，如果出现脑脊液循环相关结构的损伤，就有可能在后期出现脑积水的并发症，尤其是外伤较严重的患者，发生脑积水的风险相对更高。
