婴幼儿雷特病分四阶段，早期发育停滞期有头围生长减慢、语言及手部精细动作发育落后且受性别遗传因素影响；快速倒退期社交互动减少、出现刻板行为、有呼吸异常，不良养育环境及家族遗传病史会加重症状；假性平稳期运动功能进一步退化、有共济失调等骨骼问题且随年龄增长可能加重；晚期非典型期有严重运动障碍、常见癫痫发作、有吞咽困难，不良营养摄入及癫痫控制不佳会恶化病情且青春期及成年后症状更严重复杂。
一、婴幼儿早期发育停滞期（出生后6-18个月）
此阶段常见症状包括头围生长速度减慢，这与大脑发育异常相关；语言发育明显落后，原本应有的咿呀学语等语言能力发展迟缓；手部精细动作发育滞后，如抓握物品等动作能力较同龄正常儿童差，此阶段性别因素影响显著，因为雷特病主要影响女性儿童，是由于X染色体上MECP2基因变异等遗传因素导致发病基础。
二、快速倒退期（约1-4岁）
此阶段会出现社交互动能力显著减少，对周围环境及他人的关注明显降低；刻板行为开始出现，例如重复性的拍手、绞手等刻板动作；还可能伴有呼吸异常，如呼吸节律改变等表现，生活方式上若有不良的养育环境可能会加重症状发展，而病史方面若家族中有相关遗传病史则患病风险更高且症状可能更典型。
三、假性平稳期（约2-10岁）
此阶段运动功能进一步退化，表现为共济失调症状，如行走不稳、平衡能力差；同时可能出现脊柱侧凸等骨骼系统相关问题，是因为运动功能退化后骨骼发育受影响所致，年龄因素在此阶段体现为儿童身体发育阶段，运动功能退化随年龄增长可能逐渐加重，性别因素依旧围绕女性儿童发病特点。
四、晚期非典型期（约10岁以后）
此阶段有严重的运动障碍，如肢体完全不能活动等；癫痫发作较为常见，可以是多种类型的癫痫发作形式；还可能出现吞咽困难等问题，生活方式中不良的营养摄入等可能会加重吞咽困难等情况，病史中若癫痫控制不佳会使整体病情进一步恶化，年龄因素上儿童进入青春期及成年期后症状呈现更严重且复杂的态势。
