甲状腺肿瘤的发生是遗传、环境与自身免疫等多因素长期作用的结果，具体病因尚未完全明确，但以下因素被证实与发病密切相关。
一、遗传因素
部分甲状腺肿瘤具有明显家族聚集倾向，与基因突变相关，如多发性内分泌腺瘤病2型患者常因RET原癌基因异常突变增加甲状腺髓样癌风险；BRAF基因突变在甲状腺乳头状癌中检出率较高。有甲状腺癌家族史者，尤其是直系亲属患病时，需定期进行甲状腺超声筛查。
二、辐射暴露
儿童期头颈部接受过放射治疗（如因淋巴瘤、头颈部肿瘤接受放疗），或经历放射性碘暴露（如核事故中放射性物质释放），会显著增加甲状腺肿瘤发病风险。辐射暴露剂量与发病时间呈正相关，儿童对辐射更敏感，青少年患者发生肿瘤的可能性高于成人，需避免不必要的头颈部辐射检查或治疗。
三、碘摄入异常
长期高碘饮食（如长期食用高碘盐、大量食用海带紫菜等）可能诱发甲状腺滤泡细胞异常增殖，增加结节性甲状腺肿及甲状腺癌风险；而长期低碘饮食（如缺碘地区人群）可导致甲状腺激素合成不足，刺激促甲状腺激素分泌，间接促进甲状腺细胞增生。女性对碘摄入波动更敏感，建议保持每日碘摄入量在120-200微克（普通成人），避免极端饮食。
四、自身免疫性甲状腺疾病
慢性自身免疫性甲状腺炎（如桥本甲状腺炎）患者甲状腺组织长期处于炎症状态，反复炎症刺激可能诱发细胞异常增殖；Graves病（毒性弥漫性甲状腺肿）患者因长期甲亢状态，也可能增加甲状腺肿瘤发生风险。此类患者需定期监测甲状腺功能及超声，一旦发现结节快速增大或质地变硬，应及时进一步检查。
五、激素因素
女性甲状腺肿瘤发病率显著高于男性，提示雌激素可能在发病中起一定作用。青春期、妊娠期女性因体内雌激素水平波动较大，甲状腺组织增殖活跃，可能增加肿瘤风险。围绝经期女性激素水平变化同样需关注，建议定期进行甲状腺健康评估。
六、生活方式与环境因素
长期精神压力、熬夜等不良生活方式可能通过神经-内分泌系统影响甲状腺功能；长期接触某些化学物质（如多环芳烃、亚硝胺类）也可能增加甲状腺肿瘤风险。建议保持规律作息，减少高压力工作环境暴露，避免接触可疑化学污染物。
