胚胎发育不好受多种因素影响，包括染色体异常（父母双方染色体数目或结构异常、长期接触高剂量辐射等化学毒物、有家族遗传病史等可致）、母体因素（内分泌失调如甲状腺或血糖异常、子宫异常如畸形或病变）、免疫因素（自身免疫性疾病、母胎免疫耐受失衡、精神压力大等可影响）、感染因素（孕期感染风疹、巨细胞病毒等病原体）。
一、染色体异常
染色体是遗传物质的载体，正常的胚胎发育依赖于染色体数目和结构的正常。若父母双方任何一方存在染色体数目或结构的异常，就可能遗传给胚胎，导致胚胎发育不好。例如，常见的21-三体综合征（唐氏综合征）就是由于21号染色体多了一条，这是染色体数目异常导致胚胎发育异常的典型疾病。从性别角度看，男女双方都可能携带异常染色体，但在生殖过程中，异常染色体传递给胚胎的概率是均等的。生活方式方面，长期接触高剂量辐射、化学毒物等可能增加染色体异常的风险，如长期接触苯、甲醛等化学物质的人群，其生殖细胞发生染色体畸变的概率会升高，进而影响胚胎发育。有家族遗传病史的人群，其胚胎发生染色体异常的风险也相对较高。
二、母体因素
（一）内分泌失调
1.甲状腺功能异常：甲状腺分泌的甲状腺激素对胚胎的生长发育至关重要。甲状腺功能减退时，体内甲状腺激素水平降低，会影响胚胎的神经发育等过程，导致胚胎发育不好。研究表明，母体甲状腺功能减退孕妇所生婴儿发生智力发育迟缓等问题的风险增加。甲状腺功能亢进时，过高的甲状腺激素水平也会干扰胚胎的正常发育进程。
2.血糖异常：妊娠期糖尿病是常见的母体血糖异常情况。孕妇血糖过高会通过胎盘影响胚胎，导致胚胎过度生长、发育异常等。例如，高血糖环境下，胚胎处于高糖环境中，可能影响细胞的代谢和分化等过程。而对于非妊娠期的女性，如果本身存在糖尿病等血糖调节异常的情况，在备孕或怀孕时也容易出现胚胎发育不好的问题。从年龄角度看，高龄孕妇本身内分泌调节功能相对较弱，更容易出现内分泌失调相关的胚胎发育问题。
（二）子宫异常
1.子宫畸形：如单角子宫、双角子宫等子宫畸形情况，子宫的形态和结构异常会影响胚胎的着床和发育空间。例如，单角子宫只有一侧输卵管和子宫角，宫腔容积相对较小，胚胎着床后可利用的空间有限，容易导致胚胎发育不良甚至流产。
2.子宫内膜病变：子宫内膜炎、子宫内膜息肉等病变会影响子宫内膜的容受性。子宫内膜是胚胎着床的场所，正常的子宫内膜厚度、血流等情况对于胚胎着床和发育至关重要。子宫内膜炎会导致子宫内膜出现炎症反应，影响胚胎的着床和生长；子宫内膜息肉可能会占据宫腔内的空间，干扰胚胎的正常发育。
三、免疫因素
母体的免疫状态异常也可能导致胚胎发育不好。例如，自身免疫性疾病患者，如系统性红斑狼疮患者，体内存在自身抗体，这些抗体可能攻击胚胎相关的组织和细胞，影响胚胎的发育。另外，母胎免疫耐受失衡也可能导致胚胎被母体免疫系统识别为“异物”而遭到攻击，从而引起胚胎发育不好。从性别角度看，男女双方的免疫状况都会影响母胎免疫平衡，但女性作为孕育胚胎的主体，其自身免疫状态对胚胎发育的影响更为直接。生活方式方面，长期处于精神压力过大的状态下，可能会影响母体的免疫调节功能，增加胚胎发育不好的风险。
四、感染因素
孕期感染某些病原体也会导致胚胎发育不好。例如，孕妇感染风疹病毒，在怀孕早期感染风疹病毒可导致胚胎出现先天性白内障、心脏畸形等多种发育异常情况。孕妇感染巨细胞病毒，也可能引起胚胎的智力发育障碍、听力障碍等发育问题。不同的感染病原体对胚胎发育的影响机制不同，有的是直接破坏胚胎细胞，有的是通过引起母体的炎症反应间接影响胚胎。年龄方面，孕妇年龄越大，自身的免疫力相对可能有所下降，更容易受到病原体的侵袭而影响胚胎发育。
