黄热病需与登革热、肾综合征出血热（HFRS）、疟疾、钩端螺旋体病、甲型病毒性肝炎等疾病区分。
一、登革热：登革病毒经伊蚊传播，与黄热病同属黄病毒科，均有高热、头痛、肌肉痛。登革热典型表现为发病第5-7天出现充血性斑丘疹，伴牙龈出血、皮下瘀斑等出血倾向，黄热病则以持续性高热（3-6天）为主，第3-4天出现黄疸（总胆红素＞17.1μmol/L）及肝损害，实验室检测登革病毒核酸阳性可区分。孕妇感染登革热可能引发流产，黄热病对孕妇死亡率更高（＞20%），需优先鉴别。
二、肾综合征出血热（HFRS）：汉坦病毒经啮齿类传播，症状“三痛”（发热、头痛、腰痛）与黄热病相似，但HFRS第5-7天出现少尿或无尿，血肌酐、尿素氮显著升高，黄热病罕见肾功能衰竭，以肝功能损害为主。医护人员接触患者血液时易感染HFRS，黄热病通过蚊媒传播，无职业暴露风险差异，汉坦病毒抗体检测阳性可明确诊断。
三、疟疾：疟原虫感染，典型表现为周期性寒战-高热-大汗退热（间歇热），与黄热病持续性高热不同。疟疾患者外周血涂片可检出疟原虫，黄热病无，且疟疾多有脾大（肋下可触及），黄热病肝大、黄疸明显，婴幼儿感染疟疾后死亡率高（＞10%），黄热病对5岁以下儿童致死率超50%，结合流行病学史（如疟疾疫区旅行史）可鉴别。
四、钩端螺旋体病：疫水接触史（如农田作业），症状“三体征”（眼结膜充血、腓肠肌压痛、淋巴结肿大）与黄热病相似，钩体病无黄疸，黄热病有。钩体病出血多在皮肤黏膜，黄热病出血（鼻出血、黑便）晚于发病5天，儿童感染钩体病后肌肉痛更明显，黄热病儿童死亡率高于成人（5岁以下儿童致死率＞50%）。
五、甲型病毒性肝炎：粪-口传播，发热、黄疸伴消化道症状（呕吐、腹泻），无“三痛”，黄热病早期有剧烈头痛、腰背肌痛。甲型肝炎抗-HAV IgM阳性，黄热病病毒IgM阳性。慢性肝病患者感染黄热病后肝功能恶化风险更高（ALT＞1000U/L），甲型肝炎对慢性肝病患者无特殊风险。
