水烟烟雾含多种有害物质，对呼吸系统可致慢性支气管炎、肺功能下降、增加患COPD风险及影响儿童青少年肺部发育；对心血管系统可致心脏缺氧、血管收缩血压升高等，增加心血管疾病发病几率；对口腔健康可损伤黏膜、致牙齿着色口臭等；增加癌症风险；对神经系统可致记忆力减退等，影响孕妇胎儿及加速老年人神经系统退化等。
水烟烟雾中含有多种有害物质，如焦油、一氧化碳等。长期吸食水烟会导致慢性支气管炎，使气道黏膜受损，分泌过多黏液，出现咳嗽、咳痰等症状，随着病情进展，肺功能会逐渐下降。研究表明，吸食水烟者患慢性阻塞性肺疾病（COPD）的风险显著高于不吸烟者，且病情进展可能更快。对于儿童和青少年，其呼吸系统尚未发育完全，水烟烟雾的刺激会对肺部正常发育产生不良影响，可能导致日后呼吸系统疾病的易感性增加。
心血管系统影响
水烟中的一氧化碳会降低血液携带氧气的能力，使心脏缺氧。同时，烟雾中的尼古丁等成分会导致血管收缩、血压升高、心率加快。长期吸食水烟可增加动脉粥样硬化的发生风险，动脉粥样硬化会使血管狭窄，影响血液循环，进而增加冠心病、心肌梗死等心血管疾病的发病几率。女性在月经周期、孕期等特殊生理阶段，心血管系统本就相对敏感，吸食水烟会进一步加重对心血管的不良影响，可能引发更严重的心血管事件。
口腔健康问题
水烟烟雾中的高温和化学物质会损伤口腔黏膜，导致口腔黏膜炎症、溃疡等问题。长期吸食还会使牙齿着色，出现口臭，增加龋齿、牙周炎等口腔疾病的发生概率。老年人由于口腔黏膜本身较为脆弱，唾液分泌减少，吸食水烟更容易引发口腔黏膜病变和口腔感染等问题，且恢复相对困难。
癌症风险增加
水烟烟雾中含有多种致癌物质，如多环芳烃等。长期接触这些致癌物质会显著提高患肺癌、口腔癌、咽喉癌等多种癌症的风险。有吸烟史或有家族癌症病史的人群，吸食水烟会进一步叠加致癌风险，加重患癌的可能性。儿童和青少年处于身体生长发育阶段，细胞分裂活跃，对致癌物质更为敏感，吸食水烟会极大地增加未来患癌的潜在风险。
对神经系统的不良作用
尼古丁等成分会影响神经系统，导致记忆力减退、注意力不集中等问题。长期吸食还可能引发焦虑、抑郁等精神心理问题。对于孕妇而言，吸食水烟会通过胎盘影响胎儿的神经系统发育，可能导致胎儿出生后出现认知、行为等方面的发育障碍。老年人神经系统功能逐渐衰退，吸食水烟可能加速神经系统的退化，加重认知功能下降等问题。
