支原体衣原体感染有呼吸系统感染相关症状如支原体肺炎儿童及青少年多见起病缓初期有全身症状后渐现刺激性干咳等婴幼儿症状不典型衣原体肺炎新生儿多在出生后数周发病起病缓有上呼吸道卡他等症状儿童起病稍缓有上呼吸道感染后咳嗽等；泌尿生殖系统感染相关症状如男性非淋菌性尿道炎潜伏期1-3周有尿道刺痒等症状儿童多因间接接触有尿道外口发红等表现女性非淋菌性尿道炎及宫颈炎症状不典型有尿道不适等症状儿童少见有外阴瘙痒等表现；其他部位感染相关症状如衣原体感染可致沙眼有急慢性期表现支原体感染可致结膜炎咽部感染可致咽炎儿童多见有咽痛等表现。
一、呼吸系统感染相关症状
支原体肺炎
儿童及青少年相对多见，起病较缓慢，初期可能有乏力、头痛等全身症状。之后逐渐出现咳嗽，多为刺激性干咳，咳嗽症状较为顽固，可持续较长时间，有时可类似百日咳样咳嗽。部分患儿还可能伴有发热，体温可高达39℃左右，发热持续时间不等，短则数天，长则可达2-3周。有些患儿可能会出现胸痛，疼痛程度不一，部分患儿还可能伴有气促，尤其是病情较重时，活动后气促症状会更加明显。
对于婴幼儿支原体肺炎，症状可能相对不典型，除了咳嗽、发热外，更容易出现呼吸急促、喘憋等表现，这是因为婴幼儿的呼吸系统解剖和生理特点决定的，他们的气道较狭窄，感染后更容易发生通气功能障碍。
衣原体肺炎
新生儿衣原体肺炎多在出生后2-12周发病，起病缓慢，主要表现为鼻塞、流涕等上呼吸道卡他症状，随后出现咳嗽，为持续性干咳，可伴有呼吸增快，一般呼吸频率可超过60次/分，部分患儿可出现气促、发绀等症状。
儿童衣原体肺炎起病相对较新生儿稍缓，也可先有上呼吸道感染症状，如流涕、咽痛等，然后出现咳嗽，咳嗽程度可轻可重，部分患儿可伴有发热，体温一般为低热或中度发热。
二、泌尿生殖系统感染相关症状
男性非淋菌性尿道炎
潜伏期一般为1-3周，起病相对较缓慢。典型症状是尿道刺痒，伴有不同程度的尿频、尿急、尿痛。尿道口可出现轻度红肿，早晨起床时可见尿道口有少量黏液性分泌物，称为“糊口”现象，分泌物较稀薄。部分患者症状可能较轻，容易被忽视，若不及时治疗，可能会引起附睾炎等并发症，出现阴囊部位疼痛、肿胀等症状。
年龄较小的男性儿童若发生衣原体、支原体引起的泌尿生殖系统感染，多与间接接触有关，如接触被污染的衣物等，可能会出现尿道外口发红、轻度分泌物等表现，但由于儿童表述能力有限，可能需要家长密切观察其会阴部情况。
女性非淋菌性尿道炎及宫颈炎
女性患者症状相对男性更不典型，部分患者可无明显症状。有症状者主要表现为尿道不适，如尿道灼热感、尿频等，同时可能伴有宫颈炎，出现阴道分泌物增多，呈黏液脓性，性交后出血等症状。宫颈可见充血、水肿、糜烂等改变。若感染上行引起盆腔炎，可出现下腹部疼痛、发热、阴道异常出血等症状，严重影响生殖系统功能，对育龄女性的生育可能产生不良影响，如导致输卵管粘连、阻塞等，增加不孕或宫外孕的风险。
女性儿童发生泌尿生殖系统支原体、衣原体感染相对较少见，多因间接接触被污染的物品等引起，可能出现外阴瘙痒、阴道分泌物异常等表现，家长应注意儿童会阴部的清洁卫生，若发现异常需及时就医。
三、其他部位感染相关症状
衣原体感染可引起沙眼，多发生在儿童及青少年群体，主要通过接触传播，如共用毛巾、手帕等。急性期表现为眼红、眼痛、异物感、流泪、黏液脓性分泌物等，睑结膜充血、乳头增生、滤泡形成。如果治疗不及时，可转为慢性期，出现眼睑内翻、倒睫、角膜混浊等并发症，严重影响视力。
支原体感染也可能引起眼部感染，如支原体结膜炎，表现为眼部充血、有少量分泌物等，但相对衣原体引起的沙眼来说，发生率较低。
咽部感染
支原体、衣原体感染咽部可引起咽炎，儿童多见。主要症状为咽痛、咽部不适，可伴有咳嗽，有时可无明显发热，咽部检查可见咽部充血、扁桃体可能有轻度肿大等表现。
