尼帕病毒感染急性期可导致严重肺部损伤，但肺纤维化并非其必然或典型的直接后遗症。
急性期病毒会直接攻击肺部细胞，引发弥漫性肺泡损伤、肺水肿和严重炎症，临床表现为呼吸衰竭，常需呼吸机支持。此阶段是生命威胁最大的时期。部分重症患者肺部在急性炎症后，其修复过程可能伴随一定程度的组织重塑与瘢痕形成，但这属于严重肺炎后的可能结果，并非尼帕病毒独有的特异性表现。
与特发性肺纤维化等慢性病不同，尼帕病毒治疗的终极目标是挽救生命，通过积极的支持治疗控制急性损伤，从而最大程度避免肺部发生不可逆的纤维化改变。幸存者的肺功能恢复情况，主要取决于急性期损伤的严重程度与治疗是否及时。
