巴德维疗法可能存在营养不均衡风险，长期单一依赖其特定饮食组合易致缺乏蛋白质、维生素B族等营养素，不同年龄人群受影响不同；部分人群会出现胃肠道不适，亚麻籽油大量摄入刺激胃肠道，酸奶过量摄入可能打破菌群平衡，老年人更易受影响致胃肠功能紊乱；还可能延误正规医疗治疗时机，像恶性肿瘤、心血管疾病等若仅依赖该疗法忽视正规治疗会使病情迅速进展，带来极不良健康后果。
营养不均衡风险
巴德维疗法通常涉及特定的饮食组合，如亚麻籽油与酸奶的搭配。然而，若长期单一依赖该疗法而不摄入其他多样化食物，可能导致营养不均衡。例如，仅依靠这种组合可能无法获取足够的蛋白质、维生素B族等营养素。研究表明，维生素B族对神经系统正常功能维持等至关重要，长期缺乏可能影响神经传导等生理过程；蛋白质是身体细胞修复和构建的重要物质，缺乏会导致机体免疫力下降、肌肉萎缩等问题。对于不同年龄人群影响不同，儿童处于生长发育关键期，长期营养不均衡会严重阻碍身高、智力等正常发育；孕妇若营养不均衡则可能影响胎儿的正常生长，增加早产、胎儿发育不良等风险。
胃肠道不适
部分人群在采用巴德维疗法时，可能出现胃肠道不适症状。亚麻籽油属于油脂类物质，大量摄入可能会刺激胃肠道，引起消化不良、腹胀、腹泻等症状。酸奶中的乳酸菌若过量摄入可能会打破胃肠道原有的菌群平衡，尤其是一些本身胃肠道功能较弱的人群，如老年人胃肠道蠕动功能减退，食用后更易出现胃肠道不适。老年人胃肠道黏膜相对脆弱，油脂和特殊饮食组合对其刺激更敏感，可能导致长期的胃肠道功能紊乱，影响营养物质的吸收。
延误正规医疗治疗时机
过度依赖巴德维疗法而忽视正规的医学诊断和治疗，可能会延误疾病的正规治疗时机。例如，对于一些恶性肿瘤等严重疾病，巴德维疗法没有科学依据能替代正规的手术、化疗、放疗等治疗手段。如果癌症患者仅依靠巴德维疗法，而不进行规范的抗肿瘤治疗，病情会迅速进展，错过最佳的治疗窗口，导致预后极差。不同疾病类型延误治疗的后果差异很大，像心血管疾病若延误正规治疗，可能会引发心肌梗死、心力衰竭等严重并发症，甚至危及生命，无论是年轻人还是老年人，延误正规治疗都会带来极其不良的健康后果。
