长期喝碱性水可能存在影响人体酸碱平衡、干扰矿物质吸收、可能引发消化道不适等副作用，如打破自身酸碱平衡调节机制、影响矿物质吸收、刺激胃肠道引发不适等，尤其对有基础疾病人群影响更甚。
人体自身具有完善的酸碱平衡调节系统，能够维持内环境的酸碱度相对稳定，正常人体血液pH值保持在7.35-7.45的弱碱性范围。长期喝碱性水可能会打破这种自身的平衡机制。例如，健康人群长期大量摄入碱性水，会使血液酸碱度发生改变，影响机体正常的生理生化反应，因为许多酶的活性需要在相对稳定的酸碱环境下才能发挥最佳作用，血液pH值的异常可能导致酶活性受到抑制，进而影响新陈代谢等一系列生理过程。对于本身有酸碱平衡相关基础疾病的人群，如患有代谢性酸中毒等疾病的患者，长期喝碱性水会进一步加重病情，干扰原本的治疗和机体的酸碱平衡状态。
干扰矿物质吸收
水中的某些矿物质在人体吸收过程中与酸碱环境有关。长期喝碱性水可能会影响人体对一些矿物质的吸收。比如，钙、铁等矿物质在酸性环境中更有利于被人体吸收，而碱性水会改变胃肠道内的酸碱环境，使得这些矿物质的溶解状态和吸收形式发生变化，长期下去可能导致人体出现矿物质缺乏的情况。以钙为例，正常情况下胃肠道内的酸性环境有助于钙的溶解和吸收，长期饮用碱性水使胃肠道内pH值升高，钙的存在形式改变，吸收效率降低，对于儿童处于生长发育阶段需要大量钙来构建骨骼等，如果长期喝碱性水可能影响钙的正常吸收，影响骨骼的正常发育；对于老年人，本身钙流失较多，长期喝碱性水也会加剧钙的缺乏，增加骨质疏松等疾病的发生风险。
可能引发消化道不适
长期饮用碱性水可能对胃肠道产生刺激，引发消化道不适症状。因为碱性水进入胃肠道后，会改变胃肠道内的酸碱环境，影响胃肠道消化液的正常分泌和功能。正常情况下，胃液是酸性的，有助于食物的消化和杀灭部分细菌等。长期喝碱性水可能使胃内酸碱度升高，影响胃蛋白酶等消化酶的活性，导致消化不良、腹胀、腹痛等症状。对于本身有胃肠道疾病的人群，如胃炎、胃溃疡患者，长期饮用碱性水会加重胃黏膜的刺激，不利于病情的恢复，甚至可能使病情恶化。例如，胃溃疡患者胃黏膜本身有损伤，碱性水的刺激会进一步破坏胃黏膜的保护屏障，导致溃疡症状加重，出现更严重的胃痛、反酸等不适表现。
