色盲遗传方式主要为X连锁隐性遗传。

控制色觉的基因位于X染色体上,而Y染色体上没有相应的等位基因。女性有两条X染色体(XX),男性有一条X染色体和一条Y染色体(XY)。如果女性的一条X染色体上携带色盲基因,另一条X染色体正常,她表现为携带者,不表现出色盲症状;但男性只要X染色体上携带色盲基因,就会表现出色盲。例如,假设色盲基因用b表示,正常基因用B表示,女性基因型为X^BX^B时正常,X^BX^b时为携带者,X^bX^b时色盲;男性基因型为X^BY时正常,X^bY时色盲。
男性色盲患者多于女性色盲患者。这是因为男性只要X染色体上有色盲基因就发病,而女性需要两条X染色体都携带色盲基因才发病。色盲基因通常是由母亲传递给儿子,即母亲为携带者时,有50%的概率将色盲基因传递给儿子,使儿子患病;父亲的色盲基因不会传递给儿子,只会传递给女儿,使女儿成为携带者。