长期大量喝咖啡会影响神经系统致出现焦虑等情绪及儿童青少年注意力不集中，影响心血管系统致血压升高、诱发心血管事件及生理期加重心血管不适，影响消化系统致刺激胃酸分泌致胃溃疡等及影响肠道蠕动致便秘，影响睡眠质量致入睡困难等睡眠问题及阻碍儿童青少年生长发育。
长期大量喝咖啡可能会导致神经系统方面的问题。例如，会使人体出现焦虑、紧张的情绪，这是因为咖啡中的咖啡因能刺激中枢神经系统，过量摄入会干扰神经递质的平衡。有研究表明，每天摄入超过400毫克咖啡因（大约4-5杯普通咖啡）的人群，出现焦虑症状的风险相对较高。对于儿童和青少年来说，由于他们的神经系统尚未完全发育成熟，更容易受到咖啡因的影响，可能会出现注意力不集中等情况。
影响心血管系统
对心血管系统也有不良影响。长期喝咖啡可能会使血压升高，咖啡因会促使血管收缩，增加心脏的负担。有长期追踪研究发现，长期大量喝咖啡的人群，患高血压的几率比不常喝咖啡的人群要高。而且，对于本身就有心血管疾病病史的人，如冠心病患者，过量喝咖啡可能会诱发心律失常等心血管事件。女性在生理期时，喝咖啡可能会加重心悸等心血管不适症状，因为此时女性的身体状态较为特殊，咖啡因对心血管的刺激更为敏感。
影响消化系统
会对消化系统产生危害。咖啡中的咖啡因会刺激胃酸分泌，长期大量饮用可能导致胃溃疡等疾病。有临床观察发现，长期大量喝咖啡的人群患胃溃疡的比例高于正常人群。对于患有胃肠道疾病的人群，如胃炎患者，喝咖啡会加重胃部不适症状。另外，咖啡还可能会影响肠道的蠕动功能，导致便秘等问题，尤其是老年人，本身肠道蠕动就相对缓慢，喝咖啡可能会进一步加重便秘情况。
影响睡眠质量
长期喝咖啡会干扰睡眠质量。咖啡因的半衰期较长，即使在下午或晚上喝咖啡，也可能会在数小时后仍影响睡眠。对于一般人群，长期大量摄入咖啡会导致入睡困难、睡眠浅、易惊醒等睡眠问题。而对于有睡眠障碍病史的人群，如失眠症患者，喝咖啡会使睡眠问题更加严重。儿童和青少年如果在睡前喝咖啡，会严重影响他们的生长发育，因为生长激素在睡眠中分泌旺盛，睡眠质量差会阻碍生长激素的正常分泌。
