体格检查包括外生殖器检查观察阴茎等情况及第二性征检查查看相关分布等，实验室检查有精液常规检查评估生育能力等、血液检查含性激素等及其他指标、影像学检查有阴囊超声可查相关结构病变及前列腺超声查前列腺情况、特殊检查有尿道镜检查适用于特定情况及阴茎海绵体造影用于诊断相关疾病且检查前需告知生活方式情况。
外生殖器检查：观察阴茎的大小、形态，有无畸形、包皮过长、包茎等情况；检查阴囊的大小、对称性，睾丸的位置、大小、质地，附睾有无硬结、囊肿等。不同年龄的男性外生殖器发育情况不同，儿童期需关注是否存在发育异常，成年男性则重点排查病变情况。生活方式方面，长期久坐、吸烟酗酒等可能影响生殖系统血液循环及健康，通过外生殖器检查可初步发现异常。有相关病史者，如既往有阴囊外伤史等，需重点细致检查。
第二性征检查：查看胡须、阴毛、腋毛的分布情况，乳房有无发育异常等。第二性征受雄激素等激素调节，不同年龄和健康状况下表现不同，例如青春期前男性第二性征不明显，某些疾病可能导致第二性征异常，通过检查可辅助判断内分泌等方面的问题。
实验室检查
精液常规检查：包括精液量、精子密度、精子活力、精子形态等指标。精液量正常范围一般为2-6毫升，精子密度正常应大于15×10/毫升，精子活力分为前向运动精子百分率等，正常前向运动精子应大于32%，精子形态正常形态精子应大于4%。通过精液常规检查可初步评估男性的生育能力，生活方式中禁欲时间长短会影响精液检查结果，一般建议禁欲2-7天进行检查；有生殖系统感染病史者，精液常规可能出现异常。
血液检查
性激素检查：包括睾酮、促卵泡生成素（FSH）、促黄体生成素（LH）等。睾酮水平影响男性的性欲、生殖功能等，成年男性睾酮正常范围因检测方法不同有所差异，一般在14-25.4nmol/L；FSH和LH主要由垂体分泌，调节睾丸的生精和内分泌功能，不同年龄阶段正常值不同，儿童期较低，青春期后逐渐升高。生活方式中长期熬夜、压力过大等可能影响性激素水平，有内分泌疾病病史者性激素检查结果常异常。
其他血液指标：如血常规可了解有无感染、贫血等情况，肝肾功能检查可评估肝肾功能对生殖系统相关代谢等的影响，若存在肝肾功能异常可能间接影响生殖系统健康。
影像学检查
超声检查
阴囊超声：可清晰显示睾丸、附睾、精索静脉等结构。能发现睾丸、附睾的炎症、肿瘤、囊肿等病变，还可检测精索静脉曲张，精索静脉曲张分为三度，通过超声可观察精索静脉的内径等情况。不同年龄男性阴囊超声表现不同，儿童期阴囊超声主要排查先天发育异常，成年男性则重点排查病变及精索静脉曲张等常见问题；有阴囊坠胀等症状者需重点进行阴囊超声检查。
前列腺超声：检查前列腺的大小、形态、结构等，可发现前列腺增生、前列腺结石、前列腺肿瘤等病变。正常前列腺大小约4×3×2厘米，不同年龄前列腺大小有差异，老年男性前列腺增生较为常见，通过超声检查可辅助诊断前列腺相关疾病，有尿频、尿急、排尿困难等症状的男性需进行前列腺超声检查。
特殊检查
尿道镜检查：适用于尿道狭窄、尿道异物、血尿等情况的检查，可直接观察尿道内的病变情况。对于有尿道不适、血尿等症状且其他检查不能明确病因的男性，可考虑进行尿道镜检查；儿童一般不轻易进行尿道镜检查，除非病情需要且在严格评估后进行。
阴茎海绵体造影：主要用于诊断阴茎海绵体硬结症、阴茎海绵体瘘等疾病，通过向阴茎海绵体内注入造影剂，观察海绵体的形态及造影剂分布情况。有阴茎勃起功能障碍且怀疑有海绵体病变的男性可能需要进行该检查，生活方式中过度手淫等可能影响阴茎海绵体健康，在检查前需告知医生相关生活方式情况。
