胎儿肺囊腺瘤的确切病因尚未完全明确，目前认为可能与胚胎发育异常、基因突变或染色体异常有关，多数为散发，家族遗传倾向罕见。
- 胚胎发育异常：妊娠早期（10-16周）胎儿肺组织发育过程中，支气管树分支或肺泡结构分化异常，导致局部肺组织囊性扩张，形成肺囊腺瘤。此阶段是关键致畸窗口期，母体环境、营养或激素变化可能影响发育。
- 基因突变与染色体异常：约10%-15%病例存在基因突变，如KRAS、BRAF等致癌基因激活突变，或染色体11p15区域异常。部分合并染色体异常综合征（如18三体、22q11微缺失），增加先天畸形风险。
- 母体因素影响：孕期接触有害物质（如吸烟、酗酒、药物滥用）、感染（如风疹病毒、巨细胞病毒）或合并糖尿病、高血压等，可能干扰胎儿肺发育，诱发肺囊腺瘤。
- 遗传易感性：家族性病例罕见，若一级亲属有先天性肺部疾病史，后代发病风险略增。但多数无明确遗传模式，主要为散发性偶发事件。
