长期盘腿坐对身体多方面有不良影响，包括影响血液循环，压迫腿部血管致下肢静脉血氧饱和度降低等；影响骨骼肌肉系统，使关节处软骨受力不均增关节炎风险、致肌肉失衡引发腰背痛等；影响神经系统，压迫血管神经致下肢麻木；影响脊柱，改变脊柱生理曲度增腰椎间盘突出风险及致脊柱畸形等，儿童、成年人、老年人等不同人群受影响情况各有差异。
骨骼肌肉系统方面
关节问题：长期盘腿坐会使髋关节、膝关节等关节处于非正常的姿势。以髋关节为例，盘腿坐时髋关节处于内收内旋的状态，这会增加关节软骨的不均匀受力。长期如此，可能导致关节软骨磨损，增加患关节炎的风险。儿童长期盘腿坐可能影响骨骼的正常生长发育，导致髋关节等部位的发育异常；对于老年人，本身关节软骨就有一定程度的退变，长期盘腿坐会加速关节退变进程，使关节炎更早出现且症状更严重。
肌肉失衡：盘腿坐时，腿部的肌肉会处于一种不平衡的状态。比如，腿部的内收肌会过度紧张，而外展肌则会被拉长处于相对松弛的状态。这种肌肉失衡可能会引起腰背部肌肉的代偿，长期下来容易导致腰背部疼痛。对于女性，由于骨盆结构与男性有差异，长期盘腿坐可能更容易引发骨盆周围肌肉的失衡，进而影响骨盆的正常位置和功能；对于运动员等经常需要保持良好肌肉平衡以进行运动的人群，长期盘腿坐会破坏原有的肌肉平衡，影响运动表现和增加运动损伤的风险。
神经系统方面
长期盘腿坐还可能对神经系统产生影响。由于腿部血管和神经受到压迫，可能会出现下肢麻木的症状。这是因为神经受到压迫后，其传导功能受到阻碍。儿童的神经系统较为敏感，长期盘腿坐导致的下肢麻木可能会干扰其正常的感觉体验和神经系统的发育；对于有糖尿病神经病变基础的人群，本身神经就处于相对脆弱的状态，长期盘腿坐会进一步加重神经受压情况，使神经病变症状加重。
脊柱方面
盘腿坐时脊柱的正常生理曲度会受到改变。正常脊柱有颈曲、胸曲、腰曲和骶曲的生理弯曲，盘腿坐会使腰椎前凸增加，长期下来可能导致腰椎间盘承受不均匀的压力，增加腰椎间盘突出的风险。青少年正处于脊柱发育的关键时期，长期盘腿坐会影响脊柱的正常发育，可能导致脊柱侧弯等脊柱畸形问题；对于患有腰椎间盘轻度退变的中年人，长期盘腿坐会加速椎间盘的退变进程，使病情向更严重的方向发展。
