胶原酶溶解术疗效相对确切、创伤相对较小、可重复性相对较好但适应证选择严格，可能出现神经损伤、过敏反应、术后疼痛加重等并发症，远期效果存在不确定性且对操作者技术要求高。
疗效相对确切：对于某些特定类型的腰椎间盘突出症，胶原酶溶解术能通过溶解突出的髓核组织，减轻对神经根的压迫，从而缓解疼痛、麻木等症状。例如，有临床研究表明，在合适病例中，约60%-70%的患者术后症状能得到明显改善，能有效改善患者的下肢肌力、感觉等功能，提高生活质量。
创伤相对较小：与传统开放性手术相比，胶原酶溶解术是通过穿刺针将胶原酶注入病变部位，皮肤切口小，一般在1-2mm左右，术后恢复相对较快，患者住院时间较短，对机体的生理干扰较小，对身体的创伤程度明显低于开放性手术。
可重复性相对较好：如果首次治疗效果不佳，在严格掌握再次治疗适应证的情况下，可考虑再次进行胶原酶溶解术，相较于一些手术风险较高的开放性手术，其再次操作的可行性相对较高。
缺点
适应证选择严格：并非所有腰椎间盘突出症患者都适合胶原酶溶解术。例如，合并有严重腰椎管狭窄、腰椎不稳、椎体滑脱等情况的患者，胶原酶溶解术效果不佳甚至可能加重病情；对于突出髓核钙化的患者，胶原酶无法有效溶解钙化组织，不适合该治疗方法。一般需要通过详细的影像学检查（如CT、MRI等）结合患者的临床症状、体征来严格筛选适应证，否则可能达不到预期效果甚至引发并发症。
可能出现并发症
神经损伤：在穿刺过程中或胶原酶注射过程中，有可能损伤神经根或脊髓。虽然发生率较低，约为1%-2%，但一旦发生，可能导致患者神经功能进一步恶化，出现下肢感觉障碍加重、肌力明显下降甚至大小便失禁等严重后果。特别是对于解剖结构变异、操作经验不足的情况，神经损伤的风险会增加。
过敏反应：胶原酶作为一种异体蛋白，少数患者可能对其发生过敏反应，轻者出现皮疹、瘙痒，重者可出现过敏性休克，危及生命。虽然术前会进行皮试等过敏筛查，但仍有部分患者可能出现迟发性过敏反应，需要密切观察患者术后反应。
术后疼痛加重：部分患者在术后可能出现短期的疼痛加重现象，称为“炎性反应痛”，这是因为胶原酶溶解髓核组织后，局部炎症反应暂时加重，一般经过对症处理后可逐渐缓解，但也会给患者带来短期的痛苦。
远期效果存在不确定性：随着时间的推移，部分患者可能出现椎间盘再次突出的情况，虽然其发生概率与患者的自身病情、术后康复等多种因素有关，但相比一些开放性手术，胶原酶溶解术后远期椎间盘再次突出的风险相对较高，影响患者长期的预后效果。
对操作者技术要求高：需要操作者具备丰富的影像学知识和熟练的操作技能。操作者要准确地将穿刺针置于病变的椎间盘部位，这需要精准的定位，如通过CT引导或X线透视下定位，若定位不准确，可能导致胶原酶注射位置不当，影响治疗效果甚至引发并发症，所以对开展该手术的医疗机构和医生的技术水平要求较高。
