女性衣原体感染有无明显症状和有症状情况，无明显症状者约一半早期无特殊表现易被忽视仍具传染性；有症状者包括尿道出现不适等症状、宫颈充血水肿等、阴道分泌物增多等、未及时控制上行感染致盆腔炎症出现下腹痛等及发热等，有性生活尤其相关高危人群出现相关症状应警惕，需及时就医检查，日常应注意保持外阴清洁卫生避免不洁性行为降低感染风险。
部分女性感染衣原体后可能没有明显的自觉症状，这在一些研究中有所提及，大约有一半左右的女性感染衣原体后早期没有特殊表现，容易被忽视，这可能与个体的免疫力等因素有关，免疫力较好时，身体可能没有立即出现明显的不适症状，但仍具有传染性。
有症状情况
尿道症状：可出现尿道不适，如尿道刺痛、瘙痒等，排尿时可能有轻微的灼热感或尿频等表现。研究发现，衣原体感染引起的尿道症状相对较为隐匿，但持续存在会影响生活质量，与其他病原体引起的尿道不适在表现上可能有一定相似性，但通过实验室检查可明确区分。
宫颈症状：宫颈是女性衣原体感染常见的部位，可表现为宫颈充血、水肿，宫颈分泌物增多，宫颈口有黏液脓性分泌物等。部分女性可能出现接触性出血，即在性生活后或妇科检查后出现少量阴道出血情况。宫颈的这些改变是由于衣原体感染引发局部炎症反应导致的，炎症刺激宫颈组织使其出现上述病理改变。
阴道症状：可能出现阴道分泌物增多，分泌物的颜色、质地可能发生变化，比如变为黄色、绿色，质地变得黏稠等。同时，可能伴有阴道瘙痒感，但瘙痒程度因人而异，有些女性瘙痒相对较轻，而有些可能较为明显，这与感染的严重程度以及个体的敏感程度有关。
盆腔炎症相关症状：如果衣原体感染没有得到及时控制，可能上行感染引起盆腔炎症，此时会出现下腹部疼痛，疼痛程度可轻可重，有的为隐痛，有的可能较为剧烈，还可能伴有腰骶部酸痛等症状。部分女性还可能出现发热症状，体温可在37.5℃-38.5℃左右波动，这是因为盆腔炎症引发了机体的免疫反应，导致体温调节中枢异常而出现发热情况。
对于有性生活的女性，尤其是有多个性伴侣、新性伴侣或性伴侣有感染史的女性，若出现上述相关症状，应高度警惕衣原体感染的可能，及时就医进行相关检查，如衣原体核酸检测等，以便早期发现、早期治疗，避免病情进一步发展引发更严重的并发症。同时，女性在日常生活中应注意保持外阴清洁卫生，避免不洁性行为等，以降低衣原体感染的风险。
