阴茎小的影响因素包括先天性因素如染色体异常、基因缺陷，内分泌因素如下丘脑-垂体-性腺轴异常、雄激素水平异常，胚胎发育时期的母体因素（孕期用药、孕期疾病）和环境因素（化学物质暴露），以及其他因素如儿童期营养不良、疾病后遗症（感染性疾病、外伤因素），这些因素从不同方面影响阴茎发育。
一、先天性因素
（一）染色体异常
1.具体情况：如克氏综合征，是一种性染色体异常疾病，患者染色体核型多为47，XXY。正常男性染色体核型为46，XY，克氏综合征患者由于额外的X染色体影响，会出现睾丸发育不良等情况，导致阴茎发育较小。这种情况是先天性的遗传物质异常导致，在胎儿发育早期就已形成。
2.年龄影响：从出生后就存在相关异常表现，随着年龄增长，第二性征发育等受影响更为明显，儿童期就可发现睾丸较小、阴茎发育落后于同龄人等情况。
（二）基因缺陷
1.相关基因：一些与性激素合成、作用相关的基因缺陷会影响阴茎发育。例如，雄激素合成过程中某些酶缺乏，如3β-羟类固醇脱氢酶缺乏症等，会导致雄激素合成障碍，进而影响阴茎的正常发育。基因缺陷是从父母遗传或者自身基因突变导致，在胚胎发育时期就已对生殖器官发育产生作用。
2.性别影响：主要影响男性，因为这些基因主要参与男性生殖系统的发育调控，女性一般不会出现因这些基因缺陷导致的阴茎小的情况，但可能会有其他性激素相关的异常表现。
二、内分泌因素
（一）下丘脑-垂体-性腺轴异常
1.垂体功能减退：垂体是分泌促性腺激素等重要激素的器官，如果垂体因疾病等原因功能减退，如垂体肿瘤、垂体炎症等，会导致促性腺激素分泌减少，进而影响睾丸分泌雄激素，使得阴茎发育所需的雄激素水平不足，引起阴茎小。儿童期如果发生垂体功能减退，会严重影响第二性征发育和生殖器官发育。
2.性腺功能减退：睾丸自身功能异常导致性腺功能减退，如睾丸发育不良、睾丸炎等疾病，会使睾丸分泌雄激素减少，影响阴茎发育。青春期前发生性腺功能减退，阴茎等生殖器官难以正常发育；青春期后发生则可能导致阴茎萎缩等情况。
（二）雄激素水平异常
1.雄激素分泌不足：除了下丘脑-垂体-性腺轴异常导致雄激素分泌不足外，个体自身雄激素受体异常也会影响雄激素的作用。例如雄激素受体缺陷症，即使体内雄激素水平正常，但由于受体不能正常发挥作用，也会出现雄激素作用不足的表现，包括阴茎小等。不同年龄阶段雄激素水平对阴茎发育影响不同，儿童期雄激素不足会严重阻碍阴茎正常生长。
三、胚胎发育时期的影响因素
（一）母体因素
1.孕期用药：孕妇在孕期如果使用了一些影响胎儿发育的药物，如某些雄激素拮抗剂等，可能会干扰胎儿生殖器官的发育，导致胎儿出生后阴茎小。例如，孕期不合理使用糖皮质激素等药物，可能通过影响内分泌系统进而影响胎儿生殖器官发育。
2.孕期疾病：孕妇在孕期患有糖尿病等疾病，血糖控制不佳时，高血糖环境可能会影响胎儿的发育，包括生殖器官的发育。糖尿病孕妇所生胎儿发生先天性畸形的风险增加，其中就可能包括阴茎发育异常。
（二）环境因素
1.化学物质暴露：孕期接触一些环境中的化学物质，如邻苯二甲酸酯类等，这些化学物质具有抗雄激素样作用，可能会干扰胎儿雄激素的正常作用，影响阴茎发育。在一些工业污染地区或者接触相关化学物质的工作环境中的孕妇，胎儿暴露于这些化学物质的风险增加，从而可能导致胎儿阴茎小的风险升高。
四、其他因素
（一）营养因素
1.儿童期营养不良：在儿童生长发育阶段，如果长期营养不良，尤其是蛋白质、维生素、微量元素等摄入不足，会影响身体的整体发育，包括生殖器官的发育。例如，缺乏锌元素会影响雄激素的合成和作用，进而影响阴茎发育。儿童期是阴茎发育的重要阶段，营养不均衡会明显阻碍其正常生长。
2.性别影响：男性儿童如果营养不良，相比女性儿童更易出现生殖器官发育相关问题，因为生殖器官发育对营养等条件要求相对更为特殊，需要充足的营养物质来支持激素合成、细胞增殖等过程。
（二）疾病后遗症
1.感染性疾病：儿童期患某些严重感染性疾病，如腮腺炎合并睾丸炎，腮腺炎病毒可能会侵袭睾丸，导致睾丸萎缩，影响雄激素分泌，进而影响阴茎发育。这种情况在患病后如果没有得到良好治疗，会遗留阴茎小等后遗症，对成年后的生殖功能等产生影响。
2.外伤因素：阴茎部位的严重外伤，如果影响到阴茎海绵体等结构的正常发育或者导致雄激素分泌相关结构损伤，也可能导致阴茎小。例如，儿童期阴茎受到严重挤压伤等，可能会影响其后续的正常发育。
