新生儿黄疸若未及时处理会带来多方面危害，包括损伤神经系统致手足徐动症等后遗症、引发听力损伤影响语言发育、可能造成肾脏损伤影响水盐代谢、影响消化系统致喂养困难等、某些类型黄疸还与血液系统异常相关，早产儿因自身生理特点更易受高胆红素损伤需密切监测干预。
听力损伤
高胆红素血症可能会损害内耳的毛细胞等结构，从而引起听力损伤。有研究显示，新生儿黄疸患儿中部分会出现不同程度的听力下降，且随着胆红素水平的升高，听力损伤的风险也相应增加。这种听力损伤可能在新生儿期不易被察觉，但会对患儿未来的语言发育等产生不利影响，因为听力是语言发展的重要基础，听力受损可能导致患儿语言学习困难等问题。
肾脏损伤
严重的新生儿黄疸可能会影响肾脏功能，导致肾小管-间质损伤等。胆红素的代谢产物等可能对肾脏细胞产生毒性作用，影响肾脏的正常滤过和重吸收功能。不过相对而言，肾脏损伤在新生儿黄疸相关危害中相对神经系统和听力损伤不是最突出的，但也是需要关注的方面，例如可能出现尿液浓缩功能异常等情况，进而影响患儿的水盐代谢平衡等。
对消化系统的影响
新生儿黄疸时，胆红素代谢异常可能会影响消化系统的功能。胆红素过高可能会抑制肠道内一些消化酶的活性，影响食物的消化吸收，导致患儿出现喂养困难、腹胀、腹泻等消化系统症状，进而影响患儿的营养摄入和生长发育。因为新生儿处于快速生长发育阶段，充足的营养摄入至关重要，消化系统功能受黄疸影响会阻碍营养的获取，不利于其健康成长。
对血液系统的潜在影响
某些类型的新生儿黄疸可能与血液系统的异常有关，例如溶血性黄疸，是由于母婴血型不合等原因导致红细胞大量破坏，胆红素生成过多而引起黄疸。这种情况下，除了黄疸本身，还可能进一步导致贫血等血液系统问题，因为大量红细胞破坏会使血红蛋白减少，引起患儿贫血，而贫血又会影响机体的氧运输等功能，对新生儿的整体健康产生多方面的不利影响，如影响各器官的供氧，进而影响器官的正常功能和发育。对于早产儿等特殊人群，由于其自身的生理特点，黄疸对各系统的危害可能更为严重。早产儿的肝脏代谢功能更不成熟，血-脑屏障更不完善等，所以更容易受到高胆红素的损伤，需要更加密切地监测黄疸情况，及时采取干预措施，以减少各种危害的发生风险。
