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新生儿黄疸的并发症根据病因不同，可能导致的并发症也不一样。最重要的并发症是高位结合胆红素升高引起的胆红素脑病，可造成神经系统永久性的损害和功能障碍。
即通常所说的核黄疸，在急性期时可出现反应略低下、嗜睡、活动减少、进入呼吸暂停、惊厥、发热、角号反张，重症者可出现深度昏迷，甚至中枢性呼吸衰竭而死亡。典型的核黄疸后遗症由四联症组成：一是锥体外系的运动障碍，表现为相对持久或持续终身，主要表现为手足徐动，严重时可妨碍四肢功能的发育，严重受累的儿童可出现发音困难、表情怪异、流涎、以及咀嚼和吞咽困难。
二是听力障碍，听力损害是胆红素神经毒性的突出表现，脑干听觉通路对胆红素的毒性作用尤其敏感，通常高频听力丧失最严重，在极低出生体重儿，可引起感觉神经性听力丧失。
三是眼球运动障碍，表现为眼球转动困难，特别是向上凝视受限，常呈“娃娃眼”，提示神经损害发生在动眼神经核的上一水平。
四是牙釉质发育异常，有绿色牙或棕褐色牙，门齿有弯月形缺陷，由于釉质发育不全所致。胆红素毒性的后遗症也可发生在新生儿期，从未出现过急性胆红素脑病的婴儿。
