小儿腹泻时，可根据腹泻类型及年龄选择合适的益生菌，常用菌株包括布拉氏酵母菌、鼠李糖乳杆菌（LGG）、双歧杆菌等。其中布拉氏酵母菌和LGG被证实可缩短病程、减少腹泻次数，适合急性感染性腹泻；非感染性腹泻优先选择双歧杆菌、嗜酸乳杆菌组合。
急性感染性腹泻（如轮状病毒感染）：需在医生指导下选用布拉氏酵母菌或鼠李糖乳杆菌（LGG），这两种菌株在多国指南中被推荐用于缩短病程，减少腹泻次数，且安全性较高。对于6月龄以下婴儿，优先选择双歧杆菌或乳杆菌组合制剂，建议优先选择冻干剂型以保证菌株活性。
非感染性腹泻（如饮食不当、乳糖不耐受相关腹泻）：此类腹泻多因肠道菌群失衡或消化酶不足，可选用双歧杆菌BB-12或嗜酸乳杆菌LA-5，这类菌株有助于改善消化功能，促进乳糖消化，减少肠道产气。需注意避免与抗生素同时使用，建议间隔2小时以上服用，以确保益生菌活性。
慢性腹泻或迁延性腹泻（持续超过2周）：需先排除器质性疾病（如炎症性肠病、寄生虫感染等），在医生评估后可考虑使用含双歧杆菌和嗜热链球菌的复合制剂，如双歧杆菌三联活菌散。此类腹泻患儿肠道菌群破坏更严重，复合菌群能更好地协同修复肠道屏障功能，促进肠道黏膜恢复。
特殊人群注意事项：早产儿（胎龄<37周）腹泻时，建议选择不含乳杆菌的制剂（避免潜在过敏风险），优先使用布拉氏酵母菌或双歧杆菌；过敏体质儿童（有湿疹史或食物过敏史）需提前确认菌株来源，避免使用可能含过敏原的益生菌；对乳糖不耐受患儿，优先选择含乳糖酶的益生菌制剂，降低肠道负担，同时建议补充锌剂（每日10-20mg，分2-3次）促进黏膜修复。
