氩氦刀用于肿瘤治疗存在疗效局限性，对较大或位置特殊、晚期已广泛浸润转移的肿瘤难完全清除致复发风险高，适用范围受限，主要适用于一定大小和部位肿瘤，对不符合适应证患者强行使用影响效果，并发症较多有局部组织损伤、出血风险、感染风险，个体差异影响大，不同患者因体质、肿瘤生物学特性等不同反应差，特殊人群如儿童、老年受影响大。
氩氦刀虽可用于肿瘤治疗，但对于一些较大的肿瘤或位置特殊的肿瘤，单纯氩氦刀治疗往往难以完全清除肿瘤细胞。例如，对于某些晚期实体肿瘤，肿瘤已发生广泛浸润或转移时，氩氦刀难以对所有病灶进行有效处理，导致肿瘤复发风险较高。有研究表明，部分接受氩氦刀治疗的患者在术后较短时间内就出现肿瘤局部复发或远处转移情况。
适用范围受限
氩氦刀主要适用于一定大小和部位的肿瘤，对于早期肿瘤可能并非首选治疗方式，而对于一些不符合氩氦刀治疗适应证的患者强行使用，会影响治疗效果。比如，对于身体状况极差、心肺功能严重不全等不能耐受氩氦刀操作的患者，进行氩氦刀治疗不仅达不到预期的肿瘤治疗效果，还可能给患者带来严重的身体负担，甚至危及生命。
并发症较多
局部组织损伤：氩氦刀治疗过程中，由于低温或高温的作用，可能会导致周围正常组织不同程度的损伤。例如，在肺部肿瘤氩氦刀治疗时，可能引发气胸等并发症，轻者会引起患者胸闷、气短等不适症状，严重时可能影响患者的呼吸功能，需要进一步的治疗来处理气胸问题。
出血风险：治疗区域可能出现出血情况，对于一些大血管附近的肿瘤进行氩氦刀治疗时，出血风险更高。出血可能导致局部血肿形成，影响患者的恢复，严重时需要进行止血等相关处理。
感染风险：无论是局部组织损伤还是操作过程中的创伤，都增加了患者发生感染的可能性。如果发生感染，会延长患者的住院时间，增加治疗成本，还可能导致病情进一步恶化。
个体差异影响大
不同患者之间存在个体差异，包括体质、肿瘤的生物学特性等方面的不同。有些患者对氩氦刀治疗的反应较差，可能是由于患者自身的免疫状态、肿瘤细胞的耐药性等因素导致，使得氩氦刀治疗的效果不尽如人意。例如，免疫功能低下的患者，在接受氩氦刀治疗后，机体对肿瘤细胞的清除能力较弱，影响了氩氦刀治疗肿瘤的效果。
对于特殊人群，如儿童患者，由于儿童身体处于生长发育阶段，氩氦刀治疗可能会对儿童的正常组织发育产生不良影响，且儿童对治疗的耐受性和反应与成人有很大不同，一般不将氩氦刀作为儿童肿瘤的常规治疗手段；对于老年患者，其身体各器官功能逐渐衰退，氩氦刀治疗相关的并发症风险相对更高，在考虑氩氦刀治疗时需要更加谨慎评估患者的整体身体状况是否能耐受该治疗操作。
