脊索瘤患者的生存期受多种因素影响，总体而言，5年生存率约为40%~60%，部分低危患者可存活10年以上，而晚期或无法手术的患者生存期可能缩短至1~3年。
- 肿瘤位置与分期：颅底脊索瘤因毗邻脑干、颅神经等关键结构，手术完整切除难度高，5年生存率约30%~50%；脊柱脊索瘤中，颈椎及胸椎肿瘤因位置相对可及，手术切除率较高，5年生存率约50%~70%。早期肿瘤（未侵犯周围重要结构）患者生存期显著优于中晚期（侵犯或转移）患者，后者5年生存率可降至20%~40%。
- 病理类型与分子特征：普通型脊索瘤（最常见，约占80%）生长相对缓慢，手术完整切除后复发率较高但生存期较长，5年生存率约50%~60%；去分化型脊索瘤（约占5%~10%）恶性程度高，易侵犯邻近组织或远处转移，中位生存期通常为2~3年，5年生存率不足15%。部分患者存在BRAF V600E等基因突变，可能影响治疗敏感性。
- 治疗方式与时机：手术完整切除（全切除）是改善预后的关键，彻底切除者5年生存率可达70%~80%；部分切除或无法手术者，需联合放疗（如质子治疗），5年生存率可提升至30%~50%。化疗（如替莫唑胺联合放疗）对晚期或转移患者有一定疗效，可延长中位生存期3~6个月，治疗中需注意骨髓抑制等副作用。
- 患者自身状况与生活方式：年龄<50岁、无基础疾病的患者更耐受治疗，5年生存率较老年患者（>60岁）高15%~20%。老年患者及合并高血压、糖尿病者需加强并发症管理，建议多学科协作制定方案。长期吸烟、酗酒可能加速肿瘤进展，建议戒烟限酒并保持规律作息，儿童患者罕见（<10岁占比<5%），治疗需优先考虑非手术干预或微创方案，避免过度治疗。
