疱疹性咽峡炎的治疗包括一般治疗、对症治疗、抗病毒治疗及特殊人群注意事项。一般治疗需休息隔离、调整饮食；对症治疗有退热、缓解咽痛等措施；抗病毒治疗常用干扰素α等，但多为自限性疾病需权衡使用；婴儿期和有基础疾病患儿需特殊关注护理和病情监测。
饮食调整：给予清淡、易消化的流质或半流质饮食，如牛奶、稀粥、面条等，避免进食辛辣、刺激性、过烫的食物，以免加重咽部疼痛。对于因咽痛拒食的患儿，要保证足够的液体摄入，防止脱水，可适当增加饮水次数和量。
对症治疗
退热：当患儿体温超过38.5℃且伴有明显不适时，可采用物理降温，如温水擦浴（擦拭颈部、腋窝、腹股沟等大血管丰富的部位），擦浴时间不宜过长，一般5-10分钟即可。物理降温效果不佳或体温持续升高超过38.5℃时，可选用对乙酰氨基酚等退热药物，但需注意儿童的年龄和体重对应的合适剂量范围，严格按照药品说明书使用，避免超量。
缓解咽痛：可使用含有局部麻醉成分的喷雾或含片缓解咽部疼痛，如含有苯佐卡因的喷雾，但使用时要注意儿童的配合程度，避免误吸等情况发生。同时，保持口腔清洁，可用淡盐水漱口，年龄较小的患儿可由家长帮助用棉签蘸取淡盐水清洁口腔。
抗病毒治疗
常用药物及作用机制：目前对于疱疹性咽峡炎的抗病毒治疗，常用的药物如干扰素α，它可以通过与细胞表面的受体结合，激活细胞内抗病毒蛋白，抑制病毒的复制和传播。一般采用雾化吸入的方式给药，对于儿童来说，雾化吸入相对较容易接受。另外，利巴韦林也有一定的抗病毒作用，可通过抑制病毒核酸的合成发挥作用，但使用利巴韦林时要注意其可能存在的不良反应，如对血液系统的影响等，所以在使用时需严格掌握适应证和禁忌证。不过，疱疹性咽峡炎大多为自限性疾病，部分患儿不使用抗病毒药物也可自愈，所以抗病毒治疗需根据患儿的具体病情由医生权衡利弊后决定是否使用。
特殊人群注意事项
婴儿期患儿：婴儿的免疫系统发育尚未完善，病情变化相对较快，在治疗过程中要密切观察体温、精神状态、进食情况等。如果婴儿出现精神萎靡、持续高热不退、频繁呕吐等情况，提示病情可能较重，需及时就医。同时，在护理方面要更加细致，保证婴儿的舒适体位，喂养时要防止呛咳。
有基础疾病的患儿：对于本身患有先天性心脏病、哮喘、免疫缺陷病等基础疾病的患儿，患疱疹性咽峡炎后病情可能会相对复杂。在治疗时要综合考虑基础疾病的情况，例如有免疫缺陷病的患儿，在使用药物时要注意药物对免疫系统的影响，抗病毒治疗的选择和剂量调整可能需要更加谨慎，并且要密切监测基础疾病的病情变化以及疱疹性咽峡炎的病情进展，及时调整治疗方案。
