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疱疹性咽峡炎是由柯萨奇A组病毒引起的一种特殊类型的上呼吸道感染，主要侵袭1～7岁左右的儿童，潜伏期2～4天，以粪口传播或呼吸道为主要传播。感染性较强，但不是传染病，好发在夏秋季，起病急，表现为高热，体温有时可以达到39～40℃，咽部疼痛非常厉害，流口水，导致无法正常进食，出现呕吐。
小儿疱疹性咽峡炎检查时可以发现咽部充血明显，在咽腭弓、软腭、腭垂的黏膜上有多个2～4毫米大小的灰白色疱疹，周围有红晕，1～2天后破溃会形成小溃疡。
除咽部外，口腔黏膜亦可以出现疱疹，病程为一周，检查血常规可以发现白细胞计数正常或者偏低，因为它是病毒性感染，中性粒细胞减少，而淋巴细胞的计数相对会增高。但如果合并了细菌感染，血白细胞计数可以增高，中性粒细胞也可以增高。
小儿疱疹性咽峡炎要和手足口病相区别，两者均为肠道病毒感染引起来的，疱疹性咽峡炎为柯萨奇A组病毒感染，而手足口病是柯萨奇A组的16型，肠道病毒71型也叫EV71。重症手足口病多由EV71感染引起来的，如果只在口腔、咽峡部、悬雍垂黏膜或口腔其他部位出现疱疹，一般诊断为疱疹性咽峡炎。如果同时发现手足口、肛周、膝关节、肘关节出现斑丘疹、疱疹，一般诊断为手足口病。
