反式脂肪酸主要害处包括：增加心血管疾病风险，扰乱血脂代谢，升高低密度脂蛋白胆固醇并降低高密度脂蛋白胆固醇；促进炎症反应，诱发慢性炎症相关疾病；干扰细胞信号传导，影响胰岛素敏感性，增加2型糖尿病发病几率；长期摄入还可能影响儿童生长发育，降低认知功能。
心血管系统损伤
反式脂肪酸通过抑制脂肪酸β-氧化，导致脂质代谢紊乱，血清总胆固醇和低密度脂蛋白胆固醇水平上升，高密度脂蛋白胆固醇下降，形成动脉粥样硬化病理基础，研究显示其摄入每增加2%，冠心病风险升高23%。
代谢紊乱影响
反式脂肪酸可竞争性抑制不饱和脂肪酸代谢，降低细胞膜流动性，影响胰岛素受体磷酸化过程，使胰岛素敏感性下降30%-50%，尤其对有糖尿病家族史人群风险叠加。
慢性炎症诱发
其结构中反式双键易引发脂质过氧化链式反应，生成促炎因子如TNF-α、IL-6，导致血管内皮功能障碍，诱发慢性炎症状态，与代谢综合征、非酒精性脂肪肝发病密切相关。
特殊人群风险
孕妇摄入反式脂肪酸会通过胎盘影响胎儿神经发育，增加早产风险；老年人因代谢能力下降，更易蓄积引发认知功能衰退；肥胖人群若长期高摄入，会加剧代谢失衡，形成恶性循环。
建议每日反式脂肪酸摄入量控制在总能量的1%以下，优先选择橄榄油、坚果等天然脂肪来源，减少油炸食品、植脂末等加工食品摄入，烹饪方式以蒸、煮为主，定期监测血脂指标。
