新型隐球菌脑膜炎多呈亚急性或慢性起病，早期症状隐匿，主要表现为头痛、发热、颅内压增高及神经系统功能障碍，免疫功能低下者症状更显著。
一、全身感染症状
表现为持续低热（38℃左右）或中等度发热，部分患者可出现高热，伴夜间盗汗、体重进行性下降（每月减重>5%）、乏力、食欲减退等非特异性症状，症状持续数周至数月，易被误认为“普通感冒”或“结核感染”。
二、神经系统症状
以剧烈头痛（晨起加重，弯腰或低头时加剧）、喷射性呕吐、意识障碍（从嗜睡、谵妄到昏迷）为典型三联征；部分患者出现精神行为异常（如烦躁、幻觉、人格改变），儿童可表现为哭闹、前囟隆起，老年患者常以认知功能下降（记忆力减退、定向力障碍）为首发表现。
三、颅内压增高表现
核心体征为视乳头水肿（眼底检查示视盘边界模糊、隆起），伴头痛加剧、呕吐频繁，严重时可因脑疝导致呼吸循环衰竭；部分患者因颅内压长期增高出现展神经麻痹，表现为眼球外展受限、复视，甚至眼睑下垂。
四、特殊人群症状特点
儿童群体因血脑屏障未成熟，易合并脊髓损害（下肢无力、大小便失禁），婴幼儿可表现为前囟膨隆、颅缝分离，发热与抽搐并存；老年患者症状隐匿，约1/3无发热，以反应迟钝、步态不稳为主，易误诊为脑血管病；免疫缺陷者（如HIV、器官移植后）病情进展迅猛，数天内出现脑脓肿、颅神经瘫痪，脑脊液隐球菌抗原滴度显著升高。
