天生黑眼圈可能由遗传因素、眼部结构因素、色素沉着相关因素导致，遗传会影响眼部周围皮肤色素沉着及血管分布，眼部皮肤薄等结构特点易使黑眼圈显现，眼部皮肤黑色素细胞数量多或活性高也会致色素沉着形成黑眼圈，不同年龄段、种族可能有不同表现。
相关情况：如果家族中有成员天生就有较明显的黑眼圈，那么个体天生黑眼圈可能与遗传有关。遗传会影响眼部周围皮肤的色素沉着以及血管分布等情况。例如，某些基因决定了皮肤中黑色素细胞的活性和分布，若家族遗传了相关基因，就可能导致眼部周围皮肤色素相对容易沉积，从而出现天生黑眼圈的现象。不同年龄段都可能受遗传因素影响，从儿童时期可能就表现出与家族中相似的黑眼圈特征。
眼部结构因素
相关情况：有些人天生眼部的解剖结构就使得黑眼圈更容易显现。比如，眼部皮肤较薄的人群，皮下的血管颜色更容易透过皮肤显现出来，从外观上看就像是黑眼圈。儿童时期眼部皮肤相对较薄，这种结构特点可能更明显；成年人如果本身眼部皮肤较薄，也可能存在天生黑眼圈相对明显的情况。另外，眼轮匝肌的分布等结构也可能影响，眼轮匝肌的形态等因素可能导致眼部周围的阴影情况不同，进而表现为天生黑眼圈。
色素沉着相关因素
相关情况：天生的色素沉着异常也可能导致黑眼圈。例如，眼部皮肤的黑色素细胞数量相对较多或者活性较高，会使眼部周围皮肤色素沉着增加，从而形成黑眼圈。在儿童时期，如果黑色素细胞的功能就存在相关遗传倾向等，就可能出现天生黑眼圈。而且不同种族之间也可能存在差异，某些种族人群可能天生眼部周围更容易有色素沉着相关的黑眼圈表现。
